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iMeta: 整合宏组学重新认识生命和环境科学
https://doi.org/10.1002/imt2.15
EDITORIAL
刘永鑫1*, 陈同2*, 李丹宜3, 傅静远4*, 刘双江5,6*
1中国科学院遗传与发育生物学研究所，植物基因组学国家重点实验室，北京
2中国中医科学院，中药资源中心，北京
3北京热心肠生物技术研究院有限公司，北京
4格罗宁根大学，遗传学系，荷兰
5中国科学院微生物所，微生物资源国家重点实验室，北京
6山东大学，微生物技术国家重点实验室，青岛
* 通讯作者：
[email protected] (刘永鑫),
[email protected] (陈同),
[email protected] (傅静远),
[email protected] (刘双江)
图 1. iMeta 创刊号封面
银河代表了生物信息学和宏基因组学的复杂性和价值。DNA 代表遗传物质决定了生物多样性，位于银河的中心。螺旋臂是欢迎来自世界各地的科学家进行微生物组研究的新发现。让我们迎接微生物组的元宇宙时代
微生物组是人类、动物和环境中数万亿微生物的群落集合，在我们社会的各个方面都发挥着至关重要的作用，包括但不限于人类健康 [1]、食品工业 [2]、农业 [3]、可持续发展环境 [4] 和生物多样性 [5]。在过去的几十年中，我们对微生物组的了解呈指数级增长 [6]。多项突破性举措实施，例如人类微生物组计划 (HMP) [7]、地球微生物组计划 (EMP) [8]、Tara 海洋微生物组计划 [9]、人类肠道宏基因组学 (MetaHIT) 计划 [10]、人类微生物组计划二期(iHMP) [11]和中国微生物组计划 (CMI) [12]。这些项目推动下产生了标准化实验流程[13, 14]、测序技术方法[15, 16]、参考数据库[17, 18] 和生物信息学工具 [19, 20]。大数据和生物信息学的进步已成为蓬勃发展的微生物组研究背后的主要驱动力之一 [21, 22]。然而，全世界仍缺乏关注这方面的科学期刊。在此背景下，iMeta 的成立旨在促进将微生物组研究与大数据和创新的、当前最先进的生物信息学方法相结合的科学研究。
iMeta (ISSN: 2770-5986, eISSN:2770-596X) 是 2022 年与 Wiley 合作出版的开放获取期刊。该期刊旨在发表原创研究、可重复的方法或实验方案以及系统性综述，以促进宏基因组学和生物信息学的发展 ( 图1）。编委会设在中国北京，但面向全球科学界。被接受的出版物预计将具有高影响力（前 10%，影响因子 > 15），拥有广泛的读者群，并为同行提供新颖的发现、易于使用的分析工具或系统知识。第一篇论文已经于 2022 年 2 月在线发表。
iMeta期刊的投稿范围包括但不限于微生物学(Microbiology)、生物技术和应用微生物学(Biotechnology and Applied Microbiology)。 iMeta 专注于人类、动物、植物和环境中微生物组研究；宏组学方法和实验方案的开发和应用；生物信息学工具、流程和数据库；宏基因组学、生物信息学和微生物组的系统性综述。 iMeta 的一些物色包括视频摘要（< 5 min）、方法和工具的视频教程、图片打磨、以及在宏基因组学、生物信息学和微生物组领域拥有 50万名同行关注的社交媒体（Twitter、Facebook、微信）的推广 [23]。在这个快速发展的时代，我们相信在线出版只是一个开始。对出版物的宣传、翻译和更新（实验方案、软件、数据库或脚本）都是必需的，并且将由编辑和作者持续维护
创刊号（图 1，第一卷第一期）收录了来自 57 位作者和 10 个国家或地区的 12 篇论文。我们很高兴为您提供本期内容的导读：
● 方便的工具将极大地促进科学研究。陈同等设计了 ImageGP [24]，这是一种流行的数据可视化网络服务器，可实现几十种绘图和分析，已被引用超323次。浙江大学医学院附属儿童医院倪艳团队的俞刚等创建了一个微生物组和代谢组综合分析平台 [25]，将来助力多组学整合分析贡献一款好用的工具。电子科大林昊组吕昊等基于深度神经网络方法开发了一款预测蛋白质中的赖氨酸乳酸化位点的软件，包括本地和在线版工具将极大方便用户使用 [26]。
● 本期还报道了一些令人兴奋的研究发现。焦硕等介绍了河西走廊土壤真菌与细菌群落组装的研究 [27]。中科院李小方组郑鑫等将中药甘草与镉的解毒联系起来，从宏基因组和代谢组学水平探讨其潜在机制 [28]。美国贝勒医学院的吴青龙联合多国团队完成高海拔饮食人群的肠道微生物群的整合分析[29]。
● 创新方法是推动科学发展的发动机。为了使用户分析和可视化更容易，青岛大学陈俞竹等开发了一种综合微生物组分析流程 [30]。Sebastian Michel-Mata等引入了一种深度学习算法来预测微生物组的组成 [31]。
● 综述对于同行学习和开展工作非常重要。NIH的Dufault-Thompson 等对 de Bruijn 图在微生物组研究中的进展和未来应用进行了全面而有见地的回顾 [32]。南科大宋毅和王正洪回顾了植物遗传学介导的微生物组重塑和应对胁迫的研究进展和研究方法 [33]。华中科大宁康和杨朋硕回顾了靶向方法在整合宏基因组数据以进行准确的蛋白质结构预测方面的优势 [34]。
这11篇文章的中文全文及视频解读见下方列表：
● 评论
● iMeta | 吴青龙/王明福/刘金鑫等-从肠道菌群看待人类对高原饮食的适应性
● 综述
● iMeta | 南科大宋毅组综述逆境胁迫下植物向微生物组求救的遗传基础
● iMeta | 华中科大宁康组综述用于蛋白质结构预测的宏基因组定量分析
● 短通讯
● iMeta | 电子科大林昊组开发蛋白质赖氨酸乳酸化位点预测工具DeepKla
● 研究长文
● iMeta | 青岛大学苏晓泉组开发跨平台可交互的微生物组分析平台
● iMeta | 西农韦革宏团队焦硕等-土壤真菌驱动细菌群落的构建
● iMeta | 哈佛刘洋彧等基于物种组合预测菌群结构的深度学习方法
● iMeta | 中科院李小方等膳食甘草促进小鼠镉解毒并调节肠道菌群代谢
● iMeta | 浙大倪艳组MetOrigin实现代谢物溯源和肠道微生物组与代谢组整合分析
iMeta主编简介
刘双江
● 中国科学院微生物研究所研究员，中国科学院大学教授，山东大学特聘教授，iMeta期刊主编
● 目前发表论文200余篇，被引8768次，H指数51。入选Elsevier2021“中国高被引学者”榜单。曾获中国科学院百人计划、国家杰出青年基金等人才项目支持，2010年获得全国优秀科技工作者荣誉称号，主持国家自然科学基金重点项目和重大国际合作项目、科技部重点研发计划项目等。
傅静远
● 荷兰格罗宁根大学医学中心教授
● 研究领域包括宿主和肠道菌群在代谢及免疫的相互作用，以及对人体健康的影响。研究项目涉及大数据群体水平研究，例如荷兰LifeLines 项目，跟踪分析近17万个体30年，分析遗传，饮食，环境，肠道菌群及社会经济因素对疾病和性状的影响，以达到个体化、精准化医疗。至今共发表SCI论文近200篇，其中20余篇论文发表Cell、Nature、Science及其子刊。论文总引用数达16600以上 (H index 60)。连续多年入选ESI全球高被引学者。
刘永鑫
● 生物信息学博士，中科院高级工程师、青促会会员，iMeta期刊执行主编，宏基因组公众号创始人
● 研究方向为微生物组数据分析、方法开发与优化和科学传播。目前在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Nature Protocols、Cell Host & Microbe 等杂志发表论文40+篇，引用7000+次。微生物组分析平台QIIME 2项目参与人。受邀在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遗传、中华医学期刊等杂志发表微生物组研究方法综述。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享本领域相关原创文章3000余篇，关注人数13万+，累计阅读3100万+。
陈同
● 生物信息学博士，副研究员，iMeta期刊执行主编
● 2015毕业于中科院遗传发育所，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)、Nature Communications、Nucleic Acids Research x 3、Protein & Cell 等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章，运营有数十万人关注的《生信宝典》微信公众号，给你不一样的学习生信体验。
李丹宜
● iMeta期刊执行主编，热心肠生物技术研究院首席科学家、中国肠道大会国际期刊与出版沙龙主席
● 2003-2007年，清华大学生物科学与技术系，获学士学位。2008-2014年，加拿大多伦多大学分子遗传学，获硕士和博士学位
引文格式：
Yong-Xin Liu, Tong Chen, Danyi Li, Jingyuan Fu, Shuang-Jiang Liu. 2022. iMeta: Integrated meta-omics for biology and environments. iMeta 1: e15. https://doi.org/10.1002/imt2.15
期刊简介
“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF > 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！
联系我们
iMeta主页：http://www.imeta.science
出版社：https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x
投稿：https://mc.manuscriptcentral.com/imeta
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