R实战 | 森林图绘制
回答一下2022年VIP群里会员的问题。简单的森林图绘制。
Ref:He S, Deng Z, Li Z, et al. Signatures of 4 autophagy-related genes as diagnostic markers of MDD and their correlation with immune infiltration. J Affect Disord. 2021;295:11-20. doi:10.1016/j.jad.2021.08.005
森林图
森林图是一种简单直观地展示单一研究和汇总研究的图形,广泛应用于荟萃分析、观察研究和临床试验中。
Odds ratio(OR)
在病例对照研究(case-control study)中,分析暴露风险因素与疾病(或者用药)的关联程度;主要是反映暴露与疾病之间关联强度的指标,OR常适用于病例对照研究,也可以运用于前瞻性的研究(当观察时间相等时)
OR值的统计学意义:
OR>1,暴露与疾病的危险度增加,两者呈正相关
OR<1,暴露与疾病的危险度减少,两者呈负相关
OR=1,暴露与疾病的危险度无关,两者呈不相关
绘制
library(survival)
library(survminer)
library(eoffice) #导出ppt用
# 构建模型
# 以colon数据为示例数据
# 时间变量是time,结局变量是status,自变量选择 sex,rx和 adhere
model <- coxph( Surv(time, status) ~ sex + rx + adhere,
data = colon )
# 森林图
ggforest(model, #coxph得到的Cox回归结果
data = colon, #数据集
main = 'Hazard ratio of colon', #标题
cpositions = c(0.05, 0.15, 0.35), #前三列距离
fontsize = 1, #字体大小
refLabel = 'reference', #相对变量的数值标签,也可改为1
noDigits = 3 #保留HR值以及95%CI的小数位数
)
参考
GitHub - cardiomoon/autoReg: R package autoReg
木舟笔记2022年度VIP企划
关于木舟笔记2022年度VIP会员企划
权益:
2022年度木舟笔记所有推文示例数据及代码(含大部分2021年)。
木舟笔记科研交流群。
半价购买
跟着Cell学作图系列合集
(免费教程+代码领取)|跟着Cell学作图系列合集。
收费:
99¥/人。可添加微信:mzbj0002
转账,或直接在文末打赏。