在文章或宣传稿中经常看到两者滥用，实际上是不同的。
首先是各个字母的含义：
16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。
rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。
rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列，也就是编码16S rRNA的基因。
rRNA指的是rDNA的转录产物，它是构成核糖体的重要成分，核糖体由许多小的rRNA分子组装而成，16S rRNA是其中一个组件。
一般所分析的对象都是16s rDNA，因为DNA提取容易，也比较稳定。