1. 安装miniconda
下载页面https://conda.io/miniconda.html
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. 安装qiime1
由于qiime1官网已经停止维护,且有些依赖包只能使用旧版本,因此,建议使用虚拟环境的方法进行安装。不然会与系统的软件冲突。如系统默认版本为python3,matplotlib版本为最高级。
命令解析:
- 创建虚拟环境qiime1
- 指定安装的软件python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose
- 指定channel的通道bioconda
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
安装完成后,底部显示:
#
# To activate this environment, use:
# > source activate qiime1
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#
查看虚拟环境
$conda info -e
# conda environments:
#
base * /home/toucan/miniconda3
qiime1 /home/toucan/miniconda3/envs/qiime1
激活虚拟环境
环境激活后,前头显示虚拟环境的名称
$source activate qiime1
(qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 16:58 forstart
# 确认是否安装成功
print_qiime_config.py -t
命令查看
/home/toucan/miniconda3/envs/qiime1/bin/
关闭环境
关闭环境后,会自动退出虚拟环境的前缀
(qiime1) toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 17:05 forstart
$source deactivate qiime1
toucan@tssys /home/toucan/software Thu Jun 14 17:06 forstart
安装非常顺利,大概5min。相比虚拟机,本地安装,conda实在太快了。
使用报错
执行join_paired_ends.py报错Cannot find fastq-join
通过 conda 安装 qiime 1后,在执行join_paired_ends.py时报错:
burrito.util.ApplicationNotFoundError: Cannot find fastq-join. Is it installed? Is it in your path?
这是因为系统里没有fastq-join
在虚拟环境下,在终端执行以下命令安装ea-utils
sudo apt install ea-utils