1.土壤理化性质
2 .实验方法
2.1 样品细菌 16S rDNA PCR 扩增
2.2 数据质量控制
根据接头 bar code 序列区分样本序列，
融合双末端序列并去除 bar code;
去除小于 200 bp 的短片段序列;
去除低复杂度序列; 提取高质量序列，
去 掉 序 列两 端 低 质 量( Q＜20 ) 区 域 且 保 留 长 度 大 于 50 bp 的 序列;
每个样品最大测序深度 1×105，测序深度曲线趋于平稳，基本覆盖样品中所有物种。
3 数据分析
将多条基因信息序列按其序列间的距离
进行聚类，并将相似性大于 97%序列定义为一个操作 单 元 ( operational taxonomic unit，OTU) ，
以Chao1 指数和 ACE 指数的大小来估计土壤微生
物物种总数，分别按照公式( 1) 和公式( 2) 的方法
计算:
ni 为含有 i 条序列的 OTU 数目; Srare为含有“abund”条序 列 或 者 少 于“abund”的 OTU 数 目; Sabund 为 多 于“abund”条序列的 OTU 数目; abund 为“优势”OTU 的阈值，默认为 10。
用香浓指数( Shannon) 来衡量群落之间异性，按照公式( 3) 计算:
结果与分析
1.Alpha 多样性分析
OTU 数、香浓指数、ACE 指数、Chao1 指 数
2 烟草根际土壤细菌在门水平上的分布
- 烟草根际土壤细菌群落组成
分析优势群类，不同样品中OTU的区别
- 烟草根际土壤细菌群落分布
3 烟草根际土壤细菌在属水平上的分布
4 烟草根际土壤细菌群落结构与环境因子的关系
土壤微生物区系组成及分布受到土壤及环境等综合因素的影响，可作为土壤质量变化的指标
进行冗余度分析( redundancy analysis，ＲDA)