bio PICRUSt 分析（16S预测功能）

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• 介绍 https://picrust.github.io/picrust/index.html
• 源码 https://github.com/picrust/picrust
• galaxy 在线版本 http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/

安装教程 https://picrust.github.io/picrust/install.html#install

# conda 安装
conda install -c bioconda picrust
#下载数据库文件
download_picrust_files.py

# 手动安装 准备环境 ###########################
pip install numpy==1.5.1
##后面用到h5py
sudo apt-get install libhdf5-dev
sudo apt-get install python-h5py
##如果运行脚本遇到numpy相关的问题，更新几个相关的库
pip install --upgrade numpy scipy pandas

## github 下载解压
wget https://github.com/picrust/picrust/releases/download/1.1.0/picrust-1.1.0.tar.gz
tar -xzf picrust-1.1.0.tar.gz
cd picrust-1.1.0
#下载好的 **16S拷贝数** 及ko文件放在picrust/data文件夹
wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/picrust/picrust_precalculated_v1.1.3/13_5/16S_13_5_precalculated.tab.gz
wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/picrust/picrust_precalculated_v1.1.3/13_5/ko_13_5_precalculated.tab.gz
sudo python setup.py install

分析步骤 https://picrust.github.io/picrust/tutorials/metagenome_prediction.html#

1. 标准化
2. 预测
3. 后面分析