0011-【宏基因组】-16S流程分析——qiime平台资源列表

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qiime是集合众多软件和脚本的16S流程分析平台。

优点：相对于mothur平台具有更强的可视化，和易于操作性。

qiime1官网：http://qiime.org/
qiime2官网：https://qiime2.org/

目前大多数文章仍然使用qiime1来作为分析，和沿用OTU的概念。qiime2具有更高的性能，和可视化。目前，qiime1已经不再维护，qiime2为官方推荐版本。

常用资源：

1. QIIME Scripts

http://qiime.org/scripts/index.html
脚本列表，通过在网页中ctrl + F，可以快速查询脚本。

2. QIIME Tutorials

http://qiime.org/tutorials/index.html
软件教程网站

3. QIIME File Formats

http://qiime.org/documentation/index.html
文件格式

4. Data Files and Other Resources

http://qiime.org/home_static/dataFiles.html
数据库和虚拟机下载

5. qiime v1.7.0-dev

http://pydoc.net/qiime/1.7.0-dev/qiime/

qiime脚本源码包

6. drive5脚本平台

http://drive5.com/index.htm
qiime引用了drive5的许多引擎软件。如去uclust usearch61

7. qiime

官网： https://docs.qiime2.org

QIIME2中文帮助文档 (Chinese Manual)
https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838

QIIME2帮助英文原版
https://docs.qiime2.org/2017.9/