KEGG pathway注释,GSEA基因富集分析,GO,GSEA

对于生物信息学知识的掌握,大体可以分为三重境界:

  1. 对于生信检验原理,更为重要的是intuition(作者在发明它时,最初的构想、原型、启发)的理解。达到了这一重以后,做数据分析可以不再是抄文章、搬套路,可以以逻辑去指导分析选择算法,也才能真正的与生信专家去讨论如何合作、设计、定制适合项目的个性分析。
  2. 掌 握生信软件成品的实现细节、设计妥协、优化的小trick。那么如果想进入工业界,进生信行业混口饭吃,需要达到这重。这两年的趋势,云和开源流水线的进 步,会让这个行业从业人员数量锐减(这里从业人员不包括需要生信知识的销售、售前),竞争会导致对人力成本的压缩更为激烈,努力地成为开发者、设计师吧, 只会调包是不会有前途的。
  3. 能够自由的组合、拼接已有的算法,必要时创造想要的算法。到了这重,就可以在生信学术界里站牢脚跟了。

讲解了3代生物功能富集检验方法,主要降解了GSEA方法的使用和优缺点。

参考资料:https://zhuanlan.zhihu.com/p/20901089

讲解了pathway注释和基因富集的不同,以及各自的优缺点:

参考资料:https://www.jianshu.com/p/eab28ed46a9f

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