RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入学到现在已经有小半年了，最近正好在做RNA-Seq的分析，记录一下自己的成长轨迹。

以下是我用clusterProfiler对拟南芥的差异表达基因做的kegg富集分析：

# 载入需要的R包
library(clusterProfiler)

# 载入我用edgeR得到的差异表达基因
load("gene_all_up_down.Rdata")


#对上调基因进行kegg富集分析，并绘制柱状图
y = enrichKEGG(gene_up,organism='ath',pvalueCutoff=0.05)

barplot(y,showCategory = 10)


#载入的数据中，还有下调基因和所有差异表达基因，有兴趣的可以做一下