1. 对象和选择的着色
你可以对selections和objects应用不同的颜色。在settings/colors菜单里有预定义的color-names，也可以在控制面板里进行颜色选择。（更多颜色命令见“设置”部分）
语法
color color-name #整个object被着色
color color-name,selection-expression #selection被着色
例如
PyMOL>color white
PyMOL>color orange,pept
PyMOL>color green,resi 50+35+56
PyMOL>color yellow,resi 24-35
PyMOL>color blue,boy007
PyMOL>color red,ss h
PyMOL>color red,ss s
PyMOL>color green,ss l+’’
最后三个例子中ss是二级结构的选择符，h表示helix，s表示beta sheet，l+’‘表示loops和非特定结构。
下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings － Colors中找到：
Pymol> color color-name
Pymol> color color-name, selection-expression
比如我们可以：
Pymol> color red, ss h
Pymol> color yellow, ss s
Pymol> color green, ss l+""
其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+""代表Loop和所以其他结构。
2.氢键
显示氢键距离
distance 542/oe1,538/ne
distance 542/oe2,538/nh2
distance 10/OD2,106/HH12
设置标签字体大小
set label_font_id,4
设置标签颜色
set label_color,white
文字颜色：
Pymol> set label_color, color-name, selection
标签文字的轮廓的颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了可能：
Pymol> set label_outline_color, [color-name, [selection]]
字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode的：
Pymol> set label_font_id, 5
字体大小，如果为正值，则单位就是正常的px。你也可以用负值，则单位是Å：
Pymol> set label_size, -0.5
Pymol> set label_size, 4
设置label位置，用下列命令可以设置label离默认位置的三维偏移值，在需要给spheres加标签的时候有用：
Pymol> set label_position, (x,y,z)
最后说说怎样用单个字母标注氨基酸。
设置虚线时要点击需要设置的两个原子
设置虚线间隙
set dash_gap,0.15
设置虚线宽度
set dash_width,3.0
set dash_radius,0.0
set dash_length,0.15
set dash_round_ends,on
Pymol> select near, resi 139+229+230+233+246+499+519+520
Pymol> as cartoon, pro
Pymol> 鼠标操作：显示near的sidechain
Pymol> set_color grey1, [224,224,224]
Pymol> set cartoon_color, grey1
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set cartoon_fancy_helices, 1
Pymol> label n. CB and near, ("%s%s") % (single[resn], resi)
Pymol> 进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到合适位置
Pymol> set cartoon_transparency, 0.3
Pymol> set label_font_id, 13
Pymol> set label_size, 26
Pymol> bg_color white
这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理
Setting >> cartoon>>highlight color
Setting >> cartoon>>fancy helix
Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度
Setting >>label>>size 可以调节label字体大小
Display>>background color>>white 背景设置为白色
在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。
set label_size,28 设置字体大小
set stick_radius=0.10设置sticks的粗细
set sphere_scale,0.28 设置原子大小
如何除去cartoon上的绿色部分?
首先选择这个残基，然后hide main chain ，再调为atom模式，选择backbone上的CA原子，选择color灰色，就可以了。
显示氢键
Wizard - measurement-测量距离就可以了
输出图片
直接用ray渲染图片，set ray_shadows,off 去除投影的阴影
png your_export_file.png,dpi=300
ray 4000,4000 加工渲染成4000*40000的分辨率
显示CA碳的颜色，要打开setting/cartoon/side chain helper