用R Markdown 生成数据分析报告

为了创建 R Markdown报告，打开text文件，并将它保存为.Rmd 文件。File > New File > Text File

确保保存成 .Rmd文件， RStudio IDE能够很大程度上帮助你完成整个任务.，你可以保存通过File > Save。修改扩展名。

R Markdown 报告由一下3部分组成：

text文本
knitr 处理 R code
YAML的渲染参数

本文将逐一介绍：

处理文本

.Rmd 文件包含text，Markdown是一种处理普通格式文本的公约，包括一下特征：

加粗和斜体文本
列表
title
超链接
更多

这个协议虽然很朴素，但是，制作的文本非常易读，对下文文本采用了了本协议，请看

# Say Hello to markdown

Markdown is an **easy to use** format for writing reports. It resembles what you naturally write every time you compose an email. In fact, you may have already used markdown *without realizing it*. These websites all rely on markdown formatting

* [Github](www.github.com)
* [StackOverflow](www.stackoverflow.com)
* [Reddit](www.reddit.com)

编写过程中展示了如何使用 markdown:

headers - 使用一个或者多个 # 在文本的开始阶段，例如： # Say Hello to markdown. 单个#意味着文本是一级标题，两个#代表二级标题，以此类推.
斜体和加粗字体 - 对文本两侧加一个星号得到斜体字体，例如上文中：*without realizing it*. 用双星号包围文本得到加粗字体, 例如：**easy to use**.
lists - 每个要点之前用星号，正文与要点之间留空行
```
  This is a list

  * item 1
  * item 2
  * item 3
  
```
This is a list

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- item 1
- item 2
- item 3
hyperlinks - 1.用中括号包围网站名称，2.用括号包围具体链接，然后连接在一起使用，例如：[Github](Build software better, together).

你可以查看更多的Mardown 操作指导：Markdown Quick Reference guide
1.open a .md or .Rmd file in RStudio.
2.打开？
3.选择 “Markdown Quick Reference”
4.在帮助面板即可查看

渲染

为了将markdown文件转化为HTML, PDF, 或 Word document，单机编辑面板的工具“Knit” 控件，出现下拉菜单，选择你要的转化文件类型。

当你选定格式后， rmarkdown 将把你的文本转化成新格式文件。rmarkdown能够采用markdown语法的文件变更格式。

一旦文件被渲染，RStudio将预览目标格式结果，并保存在工作目录中。

下图展示了3种最终格式的预览图：

Note: RStudio不能直接转化PDF和word，需要装其他软件。

knitr嵌入R代码

knitr包能够兼容markdown语法，尤其包含执行R代码的能力。

渲染报告的过程中， knitr 将执行代码并将输出的结果展示。可以选择性的展示：之展示代码，只展示结果，代码与结果同时展示。

想嵌入R代码在报告中，用两行```将代码包围，在第一个``` {r}, 用于通知knitr下面的将是R代码，具体模板如下图：

Here's some code
```{r}
dim(iris)
```

在渲染文档的时候， knitr将运行代码并将结果追加在代码之后，knitr提供格式和语法高亮展示R代码和代码运行结果。

作为上面R代码的markdown结果：

如果不想将结果results 追加到报告中，可以将eval = FALSE 参数加入大括号中，这样做的结果就是只把代码放入报告中，而不执行。

只将结果放入报告中，参数echo = FALSE 而不显示代码：

echo = FALSE同样实用于作图：

参数echo 和 eval不仅仅用于自定义code，你可以通过 rmarkdown 和 knitr 进行学习。

行间代码

嵌入R代码到文本当中，在代码的两侧用点’来包围，如下图：

Two plus two equals `r 2 + 2`.

knitr 将用代码结果代替Ｒ代码，如下图所示:

YAML 渲染参数

YAML header将决定如何展现你的 .Rmd file.文件，用两个 --- 包围，如下图：

---
title: "Untitled"
author: "Garrett"
date: "July 10, 2014"
output: html_document
---

Some inline R code, `r 2 + 2`.

output: 决定最后的文件类型。

output: 选择其中一种类型的文件类型

html_document,
pdf_document,
word_document,

RStudio IDE knit更加方便的进行设置。

幻灯片：

可以将文档转换为幻灯片：

参数设定output: ioslides_presentation 创建ioslides (HTML5)幻灯片
参数设定output: beamer_presentation 创建 a beamer (PDF) 幻灯片

Note: 默认情况下RStudio编辑器中knitr没有默认选项，先在命令中修改输出类型，RStudio会输出类型加入默认选项菜单。