基因富集分析

https://www.jianshu.com/p/a1f312b60569

http://www.360doc.com/content/16/0711/10/26456292_574656968.shtml

diff_gene.entrez文件，是通过各种差异基因软件找出来的差异基因的entrez ID号列表，每一个ID号一行，几百个差异基因就几百行

http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-971259.html

上述表格为差异基因的KEGG Pathway富集分析结果表格。

ID： KEGG 数据库中通路唯一的编号信息。

Description ：Gene Ontology功能的描述信息

GeneRatio：差异基因中与该Term相关的基因数与整个差异基因总数的比值

BgRation：所有（ bg）基因中与该ID相关的基因数与所有（ bg）基因的比值

pvalue: 富集分析统计学显著水平，一般情况下， P-value < 0.05 该功能为富集项

p.adjust 矫正后的P-Value

qvalue：对p值进行统计学检验的q值

Count：差异基因中与该Term相关的基因数

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\ref")

a=read.table("diff_gene.entrez")

require(DOSE)

require(clusterProfiler)

gene=as.character(a[,1])

ego <- enrichGO(gene=gene,organism="human",ont="CC",pvalueCutoff=0.01,readable=TRUE)

ekk <- enrichKEGG(gene=gene,organism="human",pvalueCutoff=0.01,readable=TRUE)

write.csv(summary(ekk),"KEGG-enrich.csv",row.names =F)

write.csv(summary(ego),"GO-enrich.csv",row.names =F)