题目： FAS: Assessing the similarity between proteins using multi-layered feature architectures
文献来源:https://doi.org/10.1101/2022.09.01.506207 （biorxiv）
代码：https://pypi.org/project/greedyFAS/
简介：蛋白质序列比较是生物信息学工具包中的一个基本元素。当序列用功能域、跨膜域、低复杂度区域或二级结构元素等特征进行注释时，所得到的特征结构允许进行更好的知情比较。然而，许多现有的体系结构相似性评分方案都不能处理由多个注释源产生的特性，尤其在那些在解决重叠和冗余特性注释方面。本文介绍了FAS，这是一种将来自多个注释源的特征集成到一个有向无环体系结构图中的评分方法。通过实现两两架构相似性的最大化的图找到途径解决架构比较部分的冗余来找到。在对超过10000对人类-酵母同源对的大规模评估中，FAS评估的结构相似性始终比使用e值解决重叠或未解决重叠的更可信。三个案例研究证明了FAS在结构比较任务上的实用性：同源物分配软件的基准测试，功能分化的同源物的识别，以及诊断由错误的基因预测引起的蛋白质结构变化。在FAS的帮助下，特性架构比较现在可以常规地集成到这些和许多其他应用程序中。
主要内容：
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