序列比对和序列特征分析总目录
除了前述对蛋白质的基本性质进行分析预测外，还可以对其结构比如跨膜区，信号肽，螺旋卷曲等进行预测，还可以进行功能预测。
5.1 蛋白质的跨膜区分析
生物膜含的蛋白质叫膜蛋白，细胞中普遍存在，是生物膜功能的主要承担者。根据蛋白质分离的难易及在膜中分布的位置，膜蛋白可以分为外在膜蛋白和内在膜蛋白两类。
- 外在膜蛋白，占膜蛋白的的20%-30%，分布在膜蛋白内表面和外表面，主要在内表面，为水溶性蛋白。
- 内在膜蛋白约占膜蛋白的70%-80%，双亲分子，可以不同程度嵌入脂质双分子层。膜外部分含有较多的极性氨基酸，属于亲水性区域。
因为实验技术限制，目前仅有少数膜蛋白结构通过实验可以被测得，因此从理论上预测这类蛋白质的结构有重要意义。
工具:TMpred
Input sequce format可以选择几种形式，这里选择SwissProt ID,首先去Uniprot查HGFAC的的ID,Run TMpred
query
结果如下
结果1
结果1
结果解释：
1可能的跨膜螺旋区，预测膜内到膜外的跨膜螺旋7个，分别是14-33等，得分分别为1669等，中心位点分别为23等。同样可以指导膜外到膜内也有6个。
2 score得分大于500认为有生物学意义。
结果2 表示可能的跨膜区域的相关性列表
结果2
结果解释：
6个跨膜螺旋在某个方向（膜内向膜外还是反之）的偏好性，“+”表示在此方向有偏好性，“++”表示跨膜螺旋在此方向有很强的偏好性。
可见，HGFAC预测有6个跨膜区段，其中5个有生物学意义，比较可靠。并且方向很可能是外到内
结果3 建议的跨膜拓扑模型，结果中已经把得分小于500的删除
结果3
结果解释：
1 会给出两个推荐模型，第一个是强烈推荐的。o-i表示膜外到膜内。i-o反之。
2 5个跨膜螺旋的图形展示