【Science】颠覆三观的超强聚类算法

  这篇文章是自己在上大数据分析课程时老师推荐的一篇文章,当时自己听着也是对原作者当年的的思路新奇非常敬佩,相信很多伙伴也会非常感兴趣,就来做个分享吧。原论文于2014年发表于Science期刊杂志上。

Science官网截图

  • 论文题目:Clustering by fast search and find of density peaks

所解决的问题?

  作者提出了一种更加强大的聚类算法,其对参数的依赖更少,泛化能力更强。集成了k-meansDBSCAN算法的思想。

背景

  在研究问题前,我们先做综述算法分析,看看研究进展,还有未研究问题,需要归纳总结,从实际问题,不同门类的研究问题,发现共性问题。这是科研的基本素养。作者正是基于规划总结各类聚类算法得出一种更强的聚类算法。

  如今已有很多聚类的方法,但是这些聚类方法针对很多衡量方式都没有达成一致,也就是缺少一种通用的方式,或者说generalization不够。k-means是完全聚类,无法分辨噪声。K参数选择也比较困难,对于非凸形状也无法处理。DBSCAN可以聚类任意形状,但是找一个恰当的minpoint也比较玄学,并且对 ε \varepsilon 参数敏感。

所采用的方法?

  聚类的中心点会有什么特征呢?作者提出了两点直观的理解,之后对其量化建模:

  1. Cluster centers are surrounded by neighbors with lower local density。(聚类的中心周围都是比它密度低的点)。也就是说聚类中心周围密度较低,中心密度较高。
  2. They are a relatively large distance from any points with a higher local density。(聚类中心点与其它密度更高的点之间通常都距离较远)。

  也就是满足这两个点才能成为聚类中心点

  因此,对于每个样本点 i i 计算两个值:

  1. 局部密度值(local density): ρ i \rho_{i}

ρ i = j χ ( d i j d c ) \rho_{i}=\sum_{j} \chi\left(d_{i j}-d_{\mathrm{c}}\right)

  其中函数:

χ ( x ) = { 1 , x < 0 0 , x 0 \chi(x)=\left\{\begin{array}{ll} 1, & x<0 \\ 0, & x \geq 0 \end{array}\right.

  参数 d c > 0 d_{c} > 0 截断距离(cutoff distance),需要事先指定。

  1. 距离的定义如下:

δ i = { min j I S i { d i j } , I S i max j I S { d i j } , I S i = \delta_{i}=\left\{\begin{array}{ll} \min _{j \in I_{S}^{i}}\left\{d_{i j}\right\}, & I_{S}^{i} \neq \emptyset \\ \max _{j \in I_{S}}\left\{d_{i j}\right\}, & I_{S}^{i}=\emptyset \end{array}\right.

  对于非局部密度最大点,计算距离 δ i \delta_{i} 实际上分两步 :

  • 找到所有局部密度比 i i 点高的点;
  • 在这些点中找到距离 i i 点最近的那个点 j j i i j j 的距离就是 δ i \delta_{i} 的值。

  对于局部密度最大点, δ i \delta_{i} 实际上是该点和其他所有点距离值的最大值。

取得的效果?

决策图

  依据上述决策图进行定性分析,结合主观判断才得到最终的结果。可以看到聚类中心为1和10。26、27、28为离群点(outlier)。

实验结果

实验结果

算法与k-means对比分析结果

参考链接

  论文链接:http://sites.psu.edu/mcnl/files/2017/03/9-2dhti48.pdf

  代码实现:https://github.com/lanbing510/DensityPeakCluster

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