NCBI下载SRA数据（转）

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情，但是今天碰到几个坑：

1、paper里没有提供SRA数据号、也没有提供路径；

2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下载

所以通过在NCBI官网，直接在SRA搜索栏里：
输入paper的title关键词NIFTY BGI

搜索结果：

选一个文件点击进去

进去之后，再点击SRP

然后：

出现如下内容：

然后选择所有SRR文件：

下载Accession list之后得到文件列表：
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SRR354208
SRR357358
SRR357397
SRR357398
SRR357666
SRR357667
SRR357668
SRR357669
SRR357670
SRR357671
SRR357672
SRR357673
SRR357674
SRR357675
SRR357676

然后根据这个列表在linux下载：
1
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3
4
5

[wuzengding@mn01 NIFTY_BGI_samp]$ cat /data1/Medicine/WZD/SRR_Acc_List.txt | while read line

do
echo $line
/home/wuzengding/biosoftware/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.8.2 ${line}
done

下载成功！！
原文 https://www.cnblogs.com/zdwu/p/8473986.html

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