三代测序组装工具canu

canu延续了celera Assembler工具的组装原理,采用Overlap-Layout-Consensus,也就是利用序列与序列之间的交叠进行组装。

第一步: 纠错(correct)

覆盖倍数越多,越能提供更多可靠的信息,对应修正碱基越有利

第二步: 修剪(trim)

移除低质量碱基。

第三步:组装(assemble)

调整错误率 correctedErrorRate : 两个read交叠部分的差异程度的忍受程度,降低此值可以减少运行时间,如果覆盖率高的话,建议降低这个值

参考来源:

https://www.jianshu.com/p/66d859f7643f

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