使用RESM计算表达量（二代+加三代测序）

最近使用三代+三代做无参转录组测序，感觉公司算的表达量不怎么靠谱，决定亲自算一算。摸索了好久，做个笔记，供大家参考。

1，安装RESM软件：

下载地址则http://deweylab.github.io/RSEM/，下载最新版的安装吧！

安装：make 

make install 

没有root权限使用make install 可能出错，使用 make DESTDIR=/install/directory install安装到指定目录。

建议吧RESM的bin文件加入环境中，调用的时候简单一些。

2，安装bowtie2软件：

下载地址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3

安装：解压后进入bowtie2目录：make

然后赋予绝对权限：chmod 777 bowtie

把bowtie2加入环境内，方便调用。

3，开始使用RSEM来计算表达量了

（1），建立索引：我这里是无参的，所有先建立基因与转录本的对应表mouse_ref_mapping.txt，如官方给定格式：

运行索引命令：

rsem-prepare-reference --transcript-to-gene-map mouse_ref_mapping.txt  --bowtie2 mouse_ref.fa mouse_ref

 其中mouse_ref.fa是三代测序得到的unigene或是二代组装得到的unigene。而mouse_ref是建立索引输出文件，供下一步使用。

（2），计算表达量：

rsem-calculate-expression -p 8 --paired-end \
					--bowtie2 --bowtie2-path software/bowtie2-2.2.6 \
					--estimate-rspd \
					--append-names \
					data/SRR937564_1.fastq data/SRR937564_2.fastq \
					ref/mouse_ref exp/LPS_6h

 这里用到二代测序的两个原始文件和上一步索引文件，LPS_6h是你输出文件的文件名。

开始写博客没多久，如果有用请给一个赞支持一下。