今天使用了 VMD 1.9.1，过程如下：
1. 下载安装包
下载地址是http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/，选择适合自己系统的安装包。
我的系统是Centos 6.3，所以下载的安装包是：vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
2. 解压缩包
tar -zxvf vmd-1.9.1.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz ，当前目录下会生成vmd-1.9.1文件夹
3. 进入目录配置
cd vmd-1.9.1
./configure LINUXAMD64
（系统没有提示）
./configure
系统提示：using configure.options:LINUXAMD64
注：如果不执行./configure LINUXAMD64，直接执行./configure系统会报错：
LINUX OPENGL FLTK TK ACTC IMD SPACEBALL LIBTACHYON VRPN NETCDF TCL PYTHON PTHREADS NUMPY SILENT
4. 编译
cd src
make install
5. 修改环境变量
VMD默认安装在/usr/local/bin下，所以修改~/.bashrc文件，把/usr/local/bin加入到PATH中，并且source ~/.bashrc确保修改生效
6. 如果需要，安装freeglut库
VMD的运行需要OPENGL库，运行VMD前要确保相关库已经正确安装。我一般习惯用freeglut，所以我的安装命令是：
yum install freeglut*
7. 运行VMD
在终端中键入vmd即可。
今天最困惑的问题是在第一台机器上安装后，运行vmd时出core，由于该机器正在运行测试程序，不便排查。换了第二台机器同样的步骤安装，运行成功！
两台机器的系统都是Centos6.3。
希望很快可以查到原因。