作者:禅与计算机程序设计艺术
1.简介
Docker是一个开源项目,用于开发,交付和运行应用程序。它允许开发人员打包他们的应用以及依赖项到一个轻量级的、可移植的容器中,然后发布到任何流行的Linux或Windows机器上。容器可以简化部署复杂的应用,并使开发人员的环境一致性很高。数据科学家们越来越多地使用docker进行数据分析工作。Docker作为虚拟机的替代品,具有以下优点:
- 更容易创建、启动、停止容器。
- 可移植性好,适合于多个操作系统。
- 资源隔离性好,不会对主机造成过大的压力。
- 更方便的共享和迁移。 基于以上优点,数据科学家们也选择将自己的机器学习模型及其依赖项打包成Docker镜像,这样其他数据科学家就可以快速的使用这些镜像。他们还可以分享他们的镜像,让其他数据科学家使用。因此,docker已经成为数据科学家最受欢迎的工具之一。而本文正是探讨如何用docker来更方便的进行数据科学工作。
2.基本概念术语说明
在开始讲述docker之前,我们需要了解一些docker的基本概念和术语。如果你对这方面不是很熟悉,请看下面的内容。2.1 镜像(Image)
镜像就是一个只读的模板,里面包含了创建容器所需的一切(比如操作系统,编程语言运行时等)。你也可以把镜像看作是一个软件源代码一样,安装之后才能运行。一般来说,镜像都分为两类: - 基础镜像:官方提供的,例如Python或者R语言的镜像;
- 活动镜像:基于基础镜像制作的,可以用来创建容器的镜像。 当我们使用命令
docker run <image>
创建一个新的容器时,就会从指定镜像中读取内容,然后在一个新的层叠文件系统上运行这个容器。不同的容器可以基于同一个镜像,但它们拥有各自的文件系统、配置和进程空间。2.2 容器(Container)
容器是镜像的运行实例,你可以通过docker run 命令创建、启动和管理容器。每一个容器都是相互独立和安全的,其内核、进程空间和用户权限是相互独立的。在容器中运行的应用只能看到属于自己的文件和资源,与其他容器互不影响。2.3 Dockerfile
Dockerfile是一个文本文件,里面包含了一条条指令来构建镜像。这些指令包括RUN、CMD、ENV、WORKDIR、COPY和ADD等。Dockerfile用来自动化镜像构建过程,帮助我们创建标准的容器,提升构建效率。Dockerfile非常重要,经常被拿来和Docker一起使用,形成了一个强大的生态系统。2.4 仓库(Registry)
仓库用来保存镜像,每个用户或组织可以有自己的私有仓库。一般来说,当我们从镜像仓库下载一个镜像的时候,会给出地址、用户名、密码等信息。默认情况下,docker从公共仓库拉取镜像。除了公共仓库外,还有第三方云服务商提供的托管仓库,如AWS ECR和Google GCR。2.5 数据卷(Volume)
数据卷是一个存储数据的目录,它绕过UFS,可以实现容器间、宿主机与本地文件的交换。卷的目的是持久化数据,Docker提供了两种方式来实现数据卷:绑定数据卷和匿名卷。2.6 网络(Network)
网络是指docker如何联通docker容器之间的通信。docker提供了两种模式来实现网络: - 默认模式(bridge):这是docker默认的网络模式,所有的容器都会连接到docker自带的NAT网桥上,可以直接通过IP地址访问其他容器。
- 用户自定义网络(user-defined bridge networks):这种模式允许用户定义自己的网络,容器可以连接到任意网络。
3.核心算法原理和具体操作步骤以及数学公式讲解
由于docker对于数据科学家的意义远远超出了docker本身,所以我觉得没有必要详细讲解docker的算法和原理。相反,我希望通过例子和实例的方式,让读者能够直观感受到docker在数据科学中的作用。3.1 安装Docker
首先,我们需要安装docker。docker提供了各种平台的安装包,你可以根据自己的操作系统版本进行安装。如果你的电脑上已经安装了docker,那么可以跳过这一步。3.2 使用Docker运行Tensorflow
Tensorflow是Google开发的开源机器学习框架,可以用来进行深度学习和神经网络的训练、推断和优化。我们可以使用Tensorflow来搭建机器学习模型。操作步骤
第一步,我们需要准备好数据集和模型的代码。通常情况下,我们的数据集会保存在csv文件中,模型的代码则保存在python文件中。 第二步,我们使用Dockerfile文件来构建我们的容器。Dockerfile是一个文本文件,里面包含了一系列的指令,告诉docker如何构建镜像。我们可以使用如下的内容编写Dockerfile:
FROM tensorflow/tensorflow:latest-gpu
MAINTAINER AuthorName <<EMAIL>>
RUN mkdir /app
COPY. /app
WORKDIR /app
RUN pip install -r requirements.txt
ENTRYPOINT ["python"]
CMD ["main.py"]
这里,我们从官方提供的Tensorflow GPU镜像中构建我们的容器,并设置了作者、工作目录等属性。接着,我们复制了数据集和模型的代码到容器中,并安装了相关的依赖。最后,我们设置了启动脚本,即运行python main.py。
第三步,我们使用docker build命令来构建镜像。命令的形式如下:
docker build --tag image_name:tag_name.
其中,--tag参数用来指定镜像的名字和标签,后面的.表示Dockerfile所在的路径。如果Dockerfile文件保存在当前目录,我们可以直接执行该命令。
第四步,我们使用docker run命令来启动容器。命令的形式如下:
docker run -v /path/to/dataset:/data -it image_name:tag_name bash
这里,-v参数用来指定外部目录映射到容器内部的目录,格式为:外部路径:容器内路径。-it参数表示我们进入容器的交互式 shell。
第五步,我们可以在容器的shell中运行机器学习模型的代码。
第六步,当我们不需要容器时,我们可以使用docker stop命令停止容器。
3.3 使用Docker运行Jupyter Notebook
Jupyter Notebook是一个交互式的笔记本,支持运行多个编程语言。它可以用来进行数据可视化、数值计算和统计分析。我们可以使用Jupyter Notebook来运行机器学习模型的可视化和评估。
操作步骤
第一步,我们需要准备好数据集和模型的代码。通常情况下,我们的数据集会保存在csv文件中,模型的代码则保存在python文件中。
第二步,我们使用Dockerfile文件来构建我们的容器。Dockerfile的内容如下:
FROM jupyter/minimal-notebook:latest
USER root
RUN apt-get update && \
apt-get install -y python3-dev graphviz libgraphviz-dev pkg-config && \
rm -rf /var/lib/apt/lists/*
USER $NB_UID
RUN conda config --add channels conda-forge && \
conda install numpy pandas scikit-learn matplotlib seaborn pillow bokeh plotly cython numba
COPY notebook_dir /home/$NB_USER/work
WORKDIR /home/$NB_USER/work
这里,我们使用jupyter/minimal-notebook镜像作为基础镜像,并设置了作者、工作目录等属性。接着,我们安装了graphviz、matplotlib和numba等库,这些库可以帮助我们进行图形绘制、矩阵运算和加速。最后,我们复制了数据集和模型的代码到容器中,并设置了启动脚本。
第三步,我们使用docker build命令来构建镜像。命令的形式如下:
docker build --tag image_name:tag_name.
第四步,我们使用docker run命令来启动容器。命令的形式如下:
docker run -p 8888:8888 -v /path/to/code:/home/$NB_USER/work -d image_name:tag_name
这里,-p参数用来指定端口的映射,-v参数用来指定外部目录映射到容器内部的目录,-d参数表示容器后台运行。
第五步,我们打开浏览器,输入http://localhost:8888即可进入Jupyter Notebook界面。
第六步,我们可以在Jupyter Notebook中编辑代码,并运行代码。
第七步,当我们不需要容器时,我们可以使用docker stop命令停止容器。
3.4 未来发展趋势与挑战
随着docker的普及,我们正在经历一个新的十年。数据科学家正在积极使用docker来更方便的进行工作和研究。然而,随着docker越来越流行,我们也会看到更多的数据科学家和工程师加入docker的阵营。docker已经成为各种领域的标杆,也引起了很多新人的关注。但是,docker也有局限性。以下是一些docker可能遇到的一些挑战:
- 文件权限和数据共享问题:虽然docker容器之间互不干扰,但是还是有可能会出现文件权限问题和数据共享的问题。因为docker容器内的文件权限往往是由宿主机决定而不是容器自己。同时,不同容器之间还是不能共享数据,需要通过网络来进行传输。
- 集群调度和编排问题:由于docker容器本身不是分布式系统,因此无法利用底层的集群资源。并且,docker提供的集群调度功能很弱,并不能真正解决分布式问题。
- 速度问题:docker的启动速度慢,而且占用的内存比传统虚拟机要多。这使得某些类型的应用不适合使用docker,比如那些计算密集型的应用。
- 更新问题:由于docker容器之间运行在共享的资源池中,因此导致其更新机制的限制。尤其是在版本迭代频繁的应用场景下,更新成本会变得比较高。
总而言之,尽管docker已成为热门话题,但是并非所有数据科学家和工程师都适应其使用。还是应该结合实际情况,选择适合自己的工具。