小肽相关文章分析
peptidomic discovery of short open reading frame–encoded peptides in human cells
SEP来自非编码RNA的sORF，并且他们的起始密码子，并不是非经典的AUG，Swiss-Prot数据库里的数据解释大部分小于100aa的小肽，多与细胞外基质的成分相关(2006The Abundance of Short Proteins
in the Mammalian Proteome)。
通过串联质谱分析，作者匹配到20万条多肽，在这里面鉴定到6548个特有的多肽，作者保留下了与已经注释过的蛋白质至少两个AA不同的胰蛋白多肽序列。
作者对候选出来的多肽进行进一步的质控。
1.弃掉SF<0.75的SPS
2.结合RNA-seq和候选的sORF进行联合分析，此处，作者认为，观察到的sep必须来自于指定的sorf，而不能来自注释基因的点突变、含有相同胰蛋白酶肽的更长的未注释orf、转录后修饰或rna编辑。
3.SEP的来源The 37 SEPs discovered through analysis of RefSeq transcripts fall into five major categories: (i) those located in the 5′ UTR, (ii) those located in the 3′ UTR, (iii) those located in a different reading frame inside an annotated protein coding sequence (CDS), (iv) those located on noncoding RNAs (ncRNAs) and (v) those located on antisense transcripts
本文中一个RNA-seq另一个Ref-seq,还结合了作者的多肽组学质谱数据。但是本文无具体的寻找sORF的过程.
