搭建属于自己的数字IC EDA环境（五）：搭建FPGA自动化环境（Linux下vivado Tcl脚本自动化开发），业余IC设计流程与通路
1.简述一个完整的IC EDA环境也不能缺少FPGA，FPGA验证也是IC设计流程中重要的一环。一个芯片从设计到流片需要投入大量的人力、财力以及很长的研发周期，如果流片失败，对于公司来说是一笔很大的损失，同时对于研发的工程师来说这是一场重大的设计失误，重则内部会追究责任，所以验证尤为关键，能够发现很多设计的bug，而在FPGA验证是在真实的电路上验证，能够发现在模拟环境下没有2.（1）IC工程目录结构...
开源RISC-V处理器(蜂鸟E203)学习（一）修改仿真环境（vcs2018+verdi2018）
1.简述这里就不详细介绍risc-v和蜂鸟e203，大家应该都比较了解了。蜂鸟e203工程比较完善，也有一本书介绍，讲解还是非常详细的，如果以后想从事数字IC或者想学习risc-v，蜂鸟e203适合入门学习。但是e203工程中的验证环境是iverilog，而实际工作常用vcs，个人觉得使用vcs环境学习比较好一些，如果已经工作了的，已经习惯vcs环境，业余时间研究e203时还要切换成iverilog，十分不方便。这里不是不支持开源工具，主要是工作后时间和精力有限，需要尽量节省学习成本。今天先分享怎么修
开源RISC-V处理器(蜂鸟E203)学习（二）修改FPGA综合环境（使用自己的Xilinx板卡）
1.简述2.运行原工程进入到FPGA目录下;gvim打开“README.md”文件，下面就是FPGA综合的命令。这里以第一个：hbirdkit 为例，依次执行以下命令。第二个直接使用“setup”可以打开vivado的gui查看整个工程。make install CORE=e203 FPGA_NAME=hbirdkitmake setup CORE=e203 FPGA_NAME=hbirdkit 成功启动vivado并加载整个工程；...
linux shell 命令笔记之如何去除文献引用的序号【正则表达式】
linux shell 命令笔记之如何去除文献引用的序号【正则表达式】即，将[1]A. Ben Hameda,S. Elosta,J. Havel. Optimization of the capillary zone electrophoresis method for Huperzine A determination using experimental design and artificial neural networks[J]. Elsevier B.V.,2004,1084(1).批量
linux shell新增文献不重复
有了文献列表如何新增不重复的文献#！bin/bashn=1#转换大小写tr “[:upper:]” “[:lower:]” < add > add.xwhile read linedoecho -e “KaTeX parse error: Undefined control sequence: \t at position 2: n\̲t̲line” >> log.x#查找文献并储存记录grep “KaTeX parse error: Expected 'EOF',
Trinity转录组无参组装
软件trinity使用流程1. 数据下载从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压：2. 安装软件本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件： conda install -c bioconda blast conda install -c bioconda trinity还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：
samtools安装未半而中道崩殂
项目场景：samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directorysamtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or director
sickle转录组数据过滤·使用案例
1. 安装sickleconda install -c bioconda sickle# failed但是好像conda装的不能用，所以换个方法安装wget https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zipunzip master.zipcd sickle-master/make#在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'vi .bashrc2. 运行sicklesickle 的参数
二代转录组中的细胞器基因——RNA-Seq data: a goldmine for organelle research
文献分享：RNA-Seq data: a goldmine for organelle research这篇文献是为支持和补充我之前的一篇博文：筛出转录组数据中的叶绿体和线粒体reads
无参转录组做无参SNP calling（Kissplice）
几个重要的网站：kissplice:http://kissplice.prabi.fr/在线blat：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlatSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: https://academic.oup.com/nar/article/44/19/e148/2468394安装：建议在conda中安装blatsuit：解压就可以用，blat加命令直接调用wget h
脚本记录之snp-calling
#!/bin/bash#PBS -N transdecoder#PBS -l nodes=zhangxclab002:ppn=12#PBS -q batch#PBS -V#PBS -S /bin/bash#RS144A.fa RS150A.fa RS247A.fa RS255A.fa#samplemyPATH="/home/chenss/kissplices"#判断.fa文件并按顺序执行dir=$(ls -l $myPATH |awk '!/^d/ {print $NF}' |g
记录人生中第一个python脚本
#!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*-list=['HEGQ','RS150A','RS174A','RS216A','RS227A','RS259A','Sample_RS34','KJZG','RS162A','RS178A','RS220A','RS228A','RS260A','Sample_RS41','OCZL','RS163A','RS185A','RS221A','RS229A','RS261A','Sample_RS50','RS143A',
转录组原始数据质控与过滤·各种方法尝试
因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P
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