软件trinity使用流程
1. 数据下载
从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压：
2. 安装软件
本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件：
conda install -c bioconda blast
conda install -c bioconda trinity
conda install samtools openssl=1.0
- samtools 安装遇到问题，解决方法参照下条博文：samtools安装未半而中道崩殂
还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz
可能还需要安装bowtie2，但是conda安装失败，不兼容目前python，建议wget
3. 数据转换/解压
tar -zxvf Trinity-v2.4.0.tar.gz
unzip download.1
fastq-dump -gzip -split-3 -A ERR2040864.1
[fastq-dump依赖包sratoolkit；-split-3-A 能够将ERR2040864.1分为3个文件，双端2个，剩下的1个存放不能归于双端的reads]
4. 运行trinity
直接运行以下命令会出错：
nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --max_memory 1G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 &
原因是trinity不兼容目前的java版本，确切来说是第三步butterfly不兼容，因为这部分程序是用java编写的。
*** 解决办法1：***
nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --JM 5G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 --no_run_butterfly --no_run_quantifygraph &
添加–no_run_butterfly --no_run_quantifygraph ；可以运行前两步，网上说是分开运行，的确可以成功，但解决不了全部问题。
摘：trinity支持分步骤运行，但我认为必要性不大，因为分步运行的原因在于避免中途发生错误，但是trinity会自动检测之前输入，如果中途发生报错，进行修改之后，再次投递，会按照原输出继续跑，不会对之前结果进行覆盖
*** 解决办法2：***
修改trinity配置文件，使它能够兼容jdk1.7:
配置文件位置：/home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity ；使用vi /java查找并修改成1.7再运行
nohup /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity --seqType fq --max_memory 1G --left ERR2040864.1_1.fastq --right ERR2040864.1_2.fastq --CPU 6 &
即可解决。
PS：
1. /home/chenss/anaconda3/envs/transcript/bin/Trinity 是指conda中trinity存放位置。
2. 修改配置文件之前–JM 5G没报错，修改后报错了，只能删除，又加入–max_memory 1G才能运行成功，因为新版本v2.4.0没有这一参数，由–max_memory代替。
3. 组装过程中jellyfish这一步是最耗费资源的一步，内存主要由jellyfish控制。
4. 最好写一个perl或者sh脚本运行
更新于：2020年11月24日09点31分