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RNA-seq 相关概念
RNA-Seq
具体来说，首先对生物样品中的RNA反转录为cDNA，而后，将这些cDNA打碎为较小片段后，上机进行测序
转录组(transcriptome)
是指特定类型细胞中全体转录本(transcript)的集合
RNA种类
| RNA | explanation |
|---|---|
| coding RNA：mRNA | 信使RNA |
| noncoding RNA：rRNA | 核糖体RNA（ribosomalRNA） |
| noncoding RNA：tRNA | 转移RNA（transferRNA） |
| noncoding RNA：snRNA | 小核RNA(small nuclearRNA） |
| noncoding RNA：snoRNA | 最早在核仁发现的小RNA，称作小核仁RNA |
| noncoding RNA：asRNA | 反义antisense RNA 是一类能够与mRNA互补配对的单链RNA分子。细胞中引入反义RNA，可与mRNA发生互补配对，抑制mRNA的翻译 |
| noncoding RNA：lincRNA | 长链非编码RNA，长度大于200个核苷酸的一类非蛋白质编码转录物 |
| noncoding RNA：miRNA | microRNA，长度小于50nt |
| noncoding RNA：siRNA | Small interfering RNA，25nt左右的双链RNA |
| noncoding RNA：piRNA | 与Piwi蛋白相作用的RNA，长度小于50nt |
可变剪切体(Alternative splicing isoform)
junction reads
在DNA转录成mRNA的过程中，内含子被切掉，外显子会在剪切位点连接到一起。对于这些跨过剪切位点的reads，称为junction reads。如果不把它们从中间断开，就无法准确贴到基因组上。 这些junction reads是确定剪切位点的直接证据，对于正确重构转录本结构至关重要
Read count
比对到gene A的reads数,（1）换算RPKM,FPKM等后续其他指标 （2）作为基因表达差异分析（DESeq，edgeR）的输入数据
RPKM
Reads Per Kilobase of exon model per Millon mapped reads
每百万条reads中每1000bp基因中reads的数量
C: 比对上的reads数（外显子，转录本）
L: 特征长度（1000bp）
N：比对上的总reads数（100万）
示意图：
RPKM:消除基因长度和测序量差异对计算基因表达的影响 不适用：发生了可变剪切的RNA-seq数据
FPKM
F=Fragment，即测序片段的数量，比对上的一对reads为一个fragment
本质：以文库中的片段为计算单位，是在PE测序上对RPKM的矫正
FPKM表示：每一百万个map上的reads中map到外显子的每1k个碱基上的reads个数
安装软件
安装miniconda
https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
添加channel
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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
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conda create -n RNA
查看虚拟环境
(RNA) [sunchengquan 10:50:34 ~]
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# conda environments:
#
base /home/sunchengquan/local/app/miniconda3
R /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/R
RNA * /home/sunchengquan/local/app/miniconda3/envs/RNA
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安装相关软件
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