GATK全称是 genome analysis toolkit，非常好的基因组处理软件。
下载步骤
第一步：利用360浏览器找到GATK的官网。
第二步：找下载地址，其实在网上搜一下，很多资料。
第三步：重点来了，在Linux下载，这里遇到了问题。
错误提示:文件名过长
那就解决这个问题
参数解读
wget -c 不间断下载
-O 大写 输出文件
下载完成之后，gatk.zip，看文件大小，用unzip 解压。
第四步：将gatk加载到环境变量中。
export PATH=/public/home/kyang/biosoft/gatk/gatk-4.0.10.1:$PATH
在命令行输入 gatk 试试吧
到这里，gatk就安装好了，可以进行任意操作了。
自己学习过程
1.文件过长，无法下载。
2.加载环境变量时出错，重新学习了PATH这个命令。
unset、${PATH#/*}、export、set、$、？、type
总结：gatk下载在网上有很多教程，我主要讲的是遇到的问题。
1.下载文件名过长的问题，加上-c -O 参数下载会更好，这样的你也可以任意命名下载的文件。
2.如果下载的过程中中断了，那就重新下载。
3.有些教程说GATK的下载需要注册，发现并不需要注册，凡事还是要自己实践。
参考：
gatk官网 https://software.broadinstitute.org/gatk/
gatk 4.0 变异检测 安装和初步使用https://www.jianshu.com/p/50ec0d89e294
filename too long的问题 http://blog.is36.com/wget_Cannot_write_to_and_filename_too_long/