GATK4环境配置步骤札记2

很愚蠢的一点,输入wget之后,就放假回家去了,导致今天上班的时候才发现下载到20%的时候失败了........

浏览器下载失败,转用wget URL的形式失败,改为采用:

下载完成后,进行如下操作:


而后,unzip gatk-4.0.2.1.zip文件,cd gatk-4.0.2.1后,ls下:

--->新的环境需求,嗯,对的,目标是先local配置下gatk,然后运行下样例文件,所以,继续配置所需要的环境配置

1:GATK4.beta.3 or later

    由于之前已经安装了,这里就先不安装了。

2:Picard2.x

3:Samtools

4:Python 2.7


5:Cromwell

首先,下载cromwell相应版本的jar包,这里下载的是30.2,考虑到网络不是很好,加入了相关参数:

下载后,ls确认下是否在的:

而后,编辑myWorkflow.wdl文件,尝试进行运行即可:

运行结果为:

通过以上的测试,cromwell就安装成功了。

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转载自blog.csdn.net/orange_612/article/details/79499975
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