计科菜鸟玩生信（一）——Windows10下用docker安装GATK

　　1.官网下载GATK。

　　（学校网速实在是太慢了，下载几个小时到自闭）

　　　下载地址：https://software.broadinstitute.org/gatk/download/

　　　下载完成后文件夹中有如下内容。

　　2.docker的下载。

　　因为我的电脑配置的Windows10，而GATK仅支持Linux和MacOSX（这个时候要注意一定要多查看documentation），询问老师后决定使用虚拟机。在GATK的入门指南上有明确建议使用docker，但是我从来没有接触过这一方面（卑微），所以下面主要针对docker的使用了。

　　（下面摘抄截取入门指南部分内容，在此感谢Google浏览器强大的翻译功能~）

　　docker在官网下载即可，因为实在是不熟悉，我直接下载了docker desktop,本来以为大功告成结果在安装的时候报错了。

　　在此之前我从来没有感受过家庭个人版和专业版有什么不同，只是想下载GATK这么难吗...（怀疑电脑.jpg），然后查阅了docs，幸好docker还有旧版工具箱，个人家庭版可以使用docker toolbox，但是还要使用VirtualBox（再次强调查阅官方文档的重要性！）

　　使用Windows10Pro的小伙伴可直接查看GATK的文档—>https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/10870/howto-run-gatk4-in-a-docker-container（在docker desktop中运行GATK4）

　　因此一定要提前检查电脑系统是不是Windows10Pro，这个可以在系统设置的规格中明确查阅到。

　　除了检查系统，还要在任务管理器中检查是否启用虚拟化。这个在docker的产品手册中也有说明。

　　检查完毕后终于可以下载了，下载完成后桌面会出现三个图标。文件夹中有如下内容。

　　3.安装docker。

　　下面可以开始安装，缺省安装即可。直接点击桌面上的docker quickstart，安装时可能会出现查找不到快捷方式的情况，此时右键-->属性，修改目标一栏的地址，前面的地址应该和git-bash的保存地址一致。比如我的GitBash在D:\Git中，docker在D:\Docker Toolbox中，所以我将目标一栏修改为D:\Git\bin\bash.exe --login -i "D:\Docker Toolbox\start.sh"。

　　即将下载完成时Windows会通知安装程序将进行更改，要确保允许更改并信才能继续。安装成功后：

　　Finish就可以啦。po上docker的产品手册，很多步骤在手册上都有：https://docs.docker.com/toolbox/toolbox_install_windows/

　　4.验证安装。

　　启动docker quickstart terminal。这时会出现一堆乱七八糟的东西。一开始我也看不懂是什么，不过应该是第一次运行Docker Quickstart Terminal时会进行环境初始化，会在VirtualBox中自动创建名字为default的linux虚拟机，这时会用到boot2docker.iso镜像文件。

　　在最后面出现美元符号时$表示完成。在下面输入 docker run hello-world 命令。出现下图则表示成功。

　　5.后续搭建

　　因为我还没学过操作系统，所以这几步进行地异常困难，只能自己摸索，索性还有网络这个强大的工具。

　　打开Virtualbox，是在桌面上和docker一起出现的图标。打开以后是这样。

　　我猜这就是相当于运行的虚拟机了。图示正在运行default（下面的Linux是我自己test的）。我搭建的Linux打开后是这样的，个人对它很失望，花了一上午整出来的东西居然这么丑。。。连图形界面都没有。。。但是现在并不需要自己搭建，所以我重新启用了default。想要尝试一下的可以自己搭建，因为是中文所以在搭建的时候也不会太困难，一步步摸索着来就行。顺便夸一下中文真的nice。