GATK4环境配置步骤札记

-->Requirements

1：Java 8

查看已安装的java环境后，如需安装java 8，可以按照如下方式进行操作：

2：Optional,but recommended:

------>Gradle

添加PPA仓库、更新源后，可以查看可以安装的Gradle版本，选择其中一个版本安装即可，需要注意的是，Gradle3.1及以上需要Java 7及以上的支持：

----->Python 2.6 or greater / Python 3.6.2

首先，验证一下系统中的pythona安装版本

如果有Python 2.7.12、Python3.6.2则可以调过这一步，否则如下所示安装Python3.6.2:

$tar -xvf Python-3.6.2.tar.xz

$cd Python-3.6.2

$./configure

$make

$sudo make install

可能会提示缺少zlib依赖，可以考虑安装：

$sudo apt-get install zlib1g

$sudo apt-get install zlib1g-dev

----->R 3.2.5

这里安装的为R 3.2.3,安装步骤如下：

--->git-lfs:

而后，install git-lfs:

查看git-lfs的版本信息：