MPI并行计算模拟N体问题

其他 2018-09-26 20:17:10 阅读次数: 0

实验内容

N体问题是指找出已知初始位置、速度和质量的多个物体在经典力学情况下的后续运动。在本次实验中，你需要模拟N个物体在二维空间中的运动情况。通过计算每两个物体之间的相互作用力，可以确定下一个时间周期内的物体位置。

在本次实验中，N个小球在均匀分布在一个正方形的二维空间中，小球在运动时没有范围限制。每个小球间会且只会受到其他小球的引力作用。在计算作用力时，两个小球间的距离不会低于其半径之和，在其他的地方小球位置的移动不会受到其他小球的影响（即不会发生碰撞，挡住等情况）。你需要计算模拟一定时间后小球的分布情况，并通过MPI并行化计算过程。

实验要求

有关参数要求如下：

  1. 引力常数数值取6.67*10^-11
  2. 小球重量都为 10000kg
  3. 小球半径都为1cm
  4. 小球间的初始间隔为1cm，例：N=36时，则初始的正方形区域为5cm*5cm
  5. 小球初速为0.

对于时间间隔，公式：delta_t=1/timestep。其中，timestep表示在1s内程序迭代的次数，小球每隔delta_t时间更新作用力，速度，位置信息。结果中程序总的迭代次数=timestep*模拟过程经历的时间，你可以根据你的硬件环境自己设置这些数值，理论上来说，时间间隔越小，模拟的真实度越高。

算法设计与分析

不考虑小球间的碰撞；小球可重叠，但是在计算距离时最小距离为半径。

首先初始化小球的位置速度加速度
循环：
compute_force()更新加速度。加速度需要依赖于所有小球的位置

compute_velocitiescompute_positions更新位置和速度。这两项只依赖于自身的属性

并行的实现：
将小球按进程数连续地均分，每个进程计算自己的部分；在计算加速度之前要接受其他进程的小球数据，并向其他进程发送自己的小球数据

核心代码

//小球结构体：
typedef struct ball{
	double px,py;
	double vx,vy;
	double ax,ay;
}ball;
ball ball_list[256];


计算加速度：每次计算之前都初始化加速度为0，然后遍历计算每一个其他小球。首先计算小球间距离，如果小于半径就以半径计算

Index表示要计算的小球，ball_list是全局变量

void compute_force(int index){
	ball_list[index].ax=0;
	ball_list[index].ay=0;		
	for(int i=0;i<N;i++){
		if(i!=index){
			double dx=ball_list[i].px-ball_list[index].px;
			double dy=ball_list[i].py-ball_list[index].py;
			double d=(dx*dx+dy*dy);
			if(d<r*r)d=r*r;
			d*=sqrt(d);//^(3/2)

			ball_list[index].ax+=GM*(dx)/d;
			ball_list[index].ay+=GM*(dy)/d;	
		}
	}
}

计算速度：

void compute_velocities(int index){
	ball_list[index].vx+=ball_list[index].ax*delta_t;
	ball_list[index].vy+=ball_list[index].ay*delta_t;
}

计算位置：注意小球不能超越边界，但是不考虑碰撞

void compute_positions(int index){
	ball_list[index].px+=ball_list[index].vx*delta_t;
	if(ball_list[index].px>((size-1)/100.0))ball_list[index].px=(size-1)/100.0;
	if(ball_list[index].px<0)ball_list[index].px=0;
	ball_list[index].py+=ball_list[index].vy*delta_t;
	if(ball_list[index].py>((size-1)/100.0))ball_list[index].py=(size-1)/100.0;
	if(ball_list[index].py<0)ball_list[index].py=0;
}

核心循环：

//向所有其他线程发送本线程所拥有的数据
for(int j=0;j<numprocs;j++){
	if(j!=myid)MPI_Bsend((ball_list+(N/numprocs)*myid),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,j,i*10+myid,MPI_COMM_WORLD);	
}
//从所有其他线程接收其他线程拥有的数据
for(int j=0;j<numprocs;j++){
	if(j!=myid){
		MPI_Status status;
	MPI_Recv((ball_list+(N/numprocs)*j),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,j,i*10+j,MPI_COMM_WORLD,&status);
	}	
}
//首先计算加速度
for(int j=(N/numprocs)*myid;j<(N/numprocs)*(myid+1);j++)
	compute_force(j);
//之后更新位置会影响加速度的计算，所以要等所有线程计算完之后在计算
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
//更新速度和位置
for(int j=(N/numprocs)*myid;j<(N/numprocs)*(myid+1);j++){
	compute_velocities(j);			
	compute_positions(j);
}
//位置的更新会影响下一个循环的加速度的计算，所以要同步
MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);

实验结果

规模 1 2 4
N=64/时间/s 1.636738          1.097428            0.956398            
加速比 1 1.491430873 1.711357
N=256/时间/s 22.832278 13.928187 11.09423
加速比 1 1.639285716 2.058031
小球的位置：

初始：


2000周期，Timestep=10000


为什么在四个角落里会有小球：在调试中发现，timestep设置的过小会因为数据精度不足导致位置无法更新，将timestep设置为100就不会出现这种情况

2000周期，Timestep=100


20000周期，timestep=100


分析与总结

MPI是基于进程通信的并行计算，所以进程间不会共享数据，要使用其他进程的数据的时候需要进行通信

源程序：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <time.h>
#include <math.h>
#include <mpi.h>

typedef struct ball
{
	double px,py;
	double vx,vy;
	double ax,ay;
}ball;
ball ball_list[256];
const int N=256;
const double GM=6.67E-7;//G*M
int timestep=100;
double delta_t=0.0;
double r=0.01;//球的半径
int cycle_times=20000;//周期数
int size=0;//方阵宽
FILE* fp;
char* filename[4]={"result1.txt","result2.txt","result3.txt","result4.txt"};

void compute_force(int index)
{
	ball_list[index].ax=0;
	ball_list[index].ay=0;		
	for(int i=0;i<N;i++)
	{
		if(i!=index)
		{
			double dx=ball_list[i].px-ball_list[index].px;
			double dy=ball_list[i].py-ball_list[index].py;
			double d=(dx*dx+dy*dy);
			if(d<r*r)d=r*r;
			d*=sqrt(d);//^(3/2)

			ball_list[index].ax+=GM*(dx)/d;
			ball_list[index].ay+=GM*(dy)/d;	
			//printf("%lf %lf  ",dx,dy);
		}

	}
	//printf("%d a: %lf %lf\n",index,ball_list[index].ax,ball_list[index].ay);
}
void compute_velocities(int index)
{

	ball_list[index].vx+=ball_list[index].ax*delta_t;
	ball_list[index].vy+=ball_list[index].ay*delta_t;
	//printf("%d v: %lf %lf\n",index,ball_list[index].vx,ball_list[index].vy);
}
void compute_positions(int index)
{

	ball_list[index].px+=ball_list[index].vx*delta_t;
	if(ball_list[index].px>((size-1)/100.0))ball_list[index].px=(size-1)/100.0;
	if(ball_list[index].px<0)ball_list[index].px=0;
	ball_list[index].py+=ball_list[index].vy*delta_t;
	if(ball_list[index].py>((size-1)/100.0))ball_list[index].py=(size-1)/100.0;
	if(ball_list[index].py<0)ball_list[index].py=0;
	//printf("%d p: %lf %lf\n",index,ball_list[index].px,ball_list[index].py);
}

void print()
{
	//int table[16][16]={0};
	for(int i=0;i<N;i++)
	{
		//table[(int)(ball_list[i].px*100)][(int)(ball_list[i].py*100)]++;
		fprintf(fp,"%lf\n",ball_list[i].px);
	}
	fprintf(fp,"\n");
	for(int i=0;i<N;i++)
	{
		//table[(int)(ball_list[i].px*100)][(int)(ball_list[i].py*100)]++;
		fprintf(fp,"%lf\n",ball_list[i].py);
	}
	fprintf(fp, "end of printing\n\n");
}

void main(int argc,char *argv[])
{
	//init
	delta_t=1.0/timestep;
	//printf("%lf\n",delta_t);
	size=(int)sqrt(N);
	//printf("%d\n",size);
	for(int i=0;i<N;i++)
	{
		ball_list[i].px=0.01*(i%size);
		ball_list[i].py=0.01*(i/size);

		ball_list[i].vx=0;
		ball_list[i].vy=0;

		ball_list[i].ax=0;
		ball_list[i].ay=0;
	}
    int     myid, numprocs;
    clock_t starttime,endtime;
    int    namelen;
	
    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&numprocs);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&myid);
	double* mpi_buffer=malloc(sizeof(double)*1000000);
	MPI_Buffer_attach(mpi_buffer,sizeof(double)*1000000);
	
	//模拟开始
	//if(myid==0)print();
	starttime=clock();
	for(int i=0;i<cycle_times;i++)
	{
		for(int j=0;j<numprocs;j++)
		{
			if(j!=myid)
				MPI_Bsend((ball_list+(N/numprocs)*myid),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,j,i*10+myid,MPI_COMM_WORLD);	
		}
		for(int j=0;j<numprocs;j++)
		{
			if(j!=myid)
			{
				MPI_Status status;
				MPI_Recv((ball_list+(N/numprocs)*j),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,j,i*10+j,MPI_COMM_WORLD,&status);
			}	
		}
		for(int j=(N/numprocs)*myid;j<(N/numprocs)*(myid+1);j++)
		{
			compute_force(j);
		}
		
		MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
		for(int j=(N/numprocs)*myid;j<(N/numprocs)*(myid+1);j++)
		{
			compute_velocities(j);			
			compute_positions(j);
		}
		//printf("\n");
		MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
	}
	endtime=clock();
	printf("rank=%d time:%lf\n",myid,(double)(endtime-starttime)/CLOCKS_PER_SEC);
	//printf("id %d\n",myid);

	if(myid!=0)
	{
		//printf("sid %d %d %d\n",myid,ball_list+(N/numprocs)*myid,sizeof(ball)*N/numprocs);
		MPI_Send((ball_list+(N/numprocs)*myid),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,0,myid,MPI_COMM_WORLD);
	}
	if(myid==0)
	{
		fp = fopen(filename[numprocs-1],"w");
		for(int i=1;i<numprocs;i++)
		{
			MPI_Status status;
			//printf("rid %d %d %d\n",myid,ball_list+(N/numprocs)*myid,sizeof(ball)*N/numprocs);
			MPI_Recv((ball_list+(N/numprocs)*i),sizeof(ball)*N/numprocs,MPI_BYTE,i,i,MPI_COMM_WORLD,&status);
		}
		print();
		fclose(fp);
	}
	
    MPI_Finalize();
	
}


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