宏基因组做在线组间差异Anosim分析与结果解读

写在前面

需求是返回的结果每组样本数量比较多,但组间差异不明显,挑出来重分析。详情请参考 [组间差异分析:Anosim]([组间差异分析:Anosim - 知乎 (zhihu.com)), 当然亲测更简便的方法可以借助云平台工具

步骤

表格准备

  • 不同样本属水平的丰度表

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  • 分组信息表

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云平台分析

  • 上传云平台
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  • 结果分析与下载,这个很快

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  • 调整:pdf格式拖进AI里改色

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结果解读

在这里插入图片描述

**图形解读:**盒型图纵轴表示距离排名,横轴between表示组间距离,其他表示对应分组组内距离。R值表示组间与组内的差异程度。R的范围为[-1,1]。R<0组间差异小于组内差异;R>0组间差异大于组内差异;R=0组间差异等于组内差异。

盒型图参数解释:

N:样本数;

Median:中位数

Q3:上四分位数

Q1:下四分位数

IOR:四分位距,interquartile range,即Q3-Q1

max:Q3+1.5IQR范围内的最大值

min:Q1-1.5IOR范围内的最小值

outlier:异常值/离群值,即小于Q1-1.5IOR或Q3+1.5IQR的值

notch:中位数95%置信区间(confidence intervals)的范围

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