作为 MySQL 数据库的两种主要的存储引擎，InnoDB 与 MyISAM 各有长处。
在 MySQL 5.1 及之前的版本中，MyISAM 是默认的存储引擎，而在 MySQL 5.5 版本以后，默认使用 InnoDB 存储引擎。
MyISAM 不支持行级锁，换句话说，MyISAM 会对整张表加锁，而不是针对行。同时，MyISAM 不支持事务和外键。MyISAM 可被压缩，存储空间较小，而且 MyISAM 在筛选大量数据时非常快。
InnoDB 是事务型引擎，当事务异常提交时，会被回滚。同时，InnoDB 支持行锁。此外，InnoDB 需要更多存储空间，会在内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。InnoDB 支持自动奔溃恢复特性。
InnoDB 与 MyISAM 的主要区别
| 方面 | MyISAM | InnoDB |
|---|---|---|
| 事务 | 不支持 | 支持 |
| 外键 | 不支持 | 支持 |
| 行级锁 | 不支持 | 支持 |
| 自动奔溃恢复 | 不支持 | 支持 |
对于如何选择 InnoDB 与 MyISAM 存储引擎，我的建议：一般情况下，应该优先选择 InnoDB 存储引擎，并且尽量不要将 InnoDB 与 MyISAM 混合使用。
总结：
InnoDB：
支持事务处理等
不加锁读取
支持外键
支持行锁
不支持FULLTEXT类型的索引
不保存表的具体行数，扫描表来计算有多少行
DELETE 表时，是一行一行的删除
InnoDB 把数据和索引存放在表空间里面
跨平台可直接拷贝使用
InnoDB中必须包含AUTO_INCREMENT类型字段的索引
表格很难被压缩
MyISAM：
不支持事务，回滚将造成不完全回滚，不具有原子性
不支持外键
不支持外键
支持全文搜索
保存表的具体行数,不带where时，直接返回保存的行数
DELETE 表时，先drop表，然后重建表
MyISAM 表被存放在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex)引伸
跨平台很难直接拷贝
MyISAM中可以使AUTO_INCREMENT类型字段建立联合索引
表格可以被压缩
选择：
因为MyISAM相对简单所以在效率上要优于InnoDB.如果系统读多，写少。对原子性要求低。那么MyISAM最好的选择。且MyISAM恢复速度快。可直接用备份覆盖恢复。
如果系统读少，写多的时候，尤其是并发写入高的时候。InnoDB就是首选了。
两种类型都有自己优缺点，选择那个完全要看自己的实际类弄。