从以下几个方面：
1、存储结构
每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。
.frm文件存储表定义。
数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。
索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。
2、存储空间
MyISAM：可被压缩，存储空间较小。
InnoDB：需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小
3、事务处理
MyISAM类型的表强调的是性能，其执行数度比InnoDB类型更快，但是不支持外键、不提供事务支持。
InnoDB提供事务支持事务，外部键（foreign key）等高级数据库功能。
SELECT、UPDATE、INSERT、Delete操作
如果执行大量的SELECT，MyISAM是更好的选择。
如果你的数据执行大量的INSERT或UPDATE，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。
DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。而MyISAM则是重新建立表。在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table这个命令。
AUTO_INCREMENT
MyISAM：可以和其他字段一起建立联合索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引，自动增长可以不是第一列，他可以根据前面几列进行排序后递增。
InnoDB：InnoDB中必须包含只有该字段的索引。引擎的自动增长列必须是索引，如果是组合索引也必须是组合索引的第一列。
4、表的具体行数
MyISAM：保存有表的总行数，如果select count(*) from table;会直接取出该值。
InnoDB：没有保存表的总行数，如果使用select count(*) from table；就会遍历整个表，消耗相当大，但是在加了where后，myisam和innodb处理的方式都一样。
5、全文索引
MyISAM：支持 FULLTEXT类型的全文索引。不支持中文。
InnoDB：不支持FULLTEXT类型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，并且效果更好。
6、表锁差异
MyISAM：只支持表级锁，只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁。
InnoDB：支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表， 例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
一般来说：
MyISAM适合：
(1)做很多count 的计算；
(2)插入不频繁，查询非常频繁；
(3)没有事务。
InnoDB适合：
(1)可靠性要求比较高，或者要求事务；
(2)表更新和查询都相当的频繁，并且表锁定的机会比较大的情况。
两种类型最主要的差别就是Innodb 支持事务处理与外键和行级锁。而MyISAM不支持.所以MyISAM往往就容易被人认为只适合在小项目中使用。
作为使用MySQL的用户角度出发，Innodb和MyISAM都是比较喜欢的，如果数据库平台要达到需求：99.9%的稳定性，方便的扩展性和高可用性来说的话，MyISAM绝对是首选。
原因如下：
1、平台上承载的大部分项目是读多写少的项目，而MyISAM的读性能是比Innodb强不少的。
2、MyISAM的索引和数据是分开的，并且索引是有压缩的，内存使用率就对应提高了不少。能加载更多索引，而Innodb是索引和数据是紧密捆绑的，没有使用压缩从而会造成Innodb比MyISAM体积庞大不小。
3、经常隔1，2个月就会发生应用开发人员不小心update一个表where写的范围不对，导致这个表没法正常用了，这个时候MyISAM的优越性就体现出来了，随便从当天拷贝的压缩包取出对应表的文件，随便放到一个数据库目录下，然后dump成sql再导回到主库，并把对应的binlog补上。如果是Innodb，恐怕不可能有这么快速度，别和我说让Innodb定期用导出xxx.sql机制备份，因为最小的一个数据库实例的数据量基本都是几十G大小。
4、从接触的应用逻辑来说，select count(*) 和order by 是最频繁的，大概能占了整个sql总语句的60%以上的操作，而这种操作Innodb其实也是会锁表的，很多人以为Innodb是行级锁，那个只是where对它主键是有效，非主键的都会锁全表的。
5、还有就是经常有很多应用部门需要我给他们定期某些表的数据，MyISAM的话很方便，只要发给他们对应那表的frm.MYD,MYI的文件，让他们自己在对应版本的数据库启动就行，而Innodb就需要导出xxx.sql了，因为光给别人文件，受字典数据文件的影响，对方是无法使用的。
6、如果和MyISAM比insert写操作的话，Innodb还达不到MyISAM的写性能，如果是针对基于索引的update操作，虽然MyISAM可能会逊色Innodb,但是那么高并发的写，从库能否追的上也是一个问题，还不如通过多实例分库分表架构来解决。
7、如果是用MyISAM的话，merge引擎可以大大加快应用部门的开发速度，他们只要对这个merge表做一些select count(*)操作，非常适合大项目总量约几亿的rows某一类型(如日志，调查统计)的业务表。
当然Innodb也不是绝对不用，用事务的项目就用Innodb的。另外，可能有人会说你MyISAM无法抗太多写操作，但是可以通过架构来弥补。