主要区别如下：
1、事务支持。innodb支持事务，事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表，对于InnoDB每一条SQL语言都默认封装成事务，自动提交，这样会影响速度，所以最好把多条SQL语言放在begin和commit之间，组成一个事务；而myisam强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。
2、表锁差异。myisam只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁；innodb支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的。
3、主键差异。MyISAM允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址；而InnoDB如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个6字节的主键(用户不可见)，数据是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。
4、外键差异。MyISAM不支持外键，而innodb支持外键。
5、存储结构。每个MyISAM表在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。.frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD (MYData)。索引文件的扩展名是.MYI (MYIndex)。而innodb是由.frm文件、表空间（分为独立表空间或者共享表空间，如果在配置文件中配置了innodb_file_per_table=true或者不配置就会使用独立表空间）和日志文件（redo log）组成。
