1.InnoDB存储引擎
该引擎最大的优势就是支持事务，其主要设计目标是面向在线事务处理（OLTP）的应用。其特点是行锁设计，支持外键，并支持类似Oracle的非锁定读，即默认读取操作不会产生锁（隔离级别为RR-可重复读）。从5.5.8版本开始，MySQL的默认存储引擎就是InnoDB。
InnoDB通过多版本并发控制（MVCC）来获得高并发性，并且实现了SQL的四种隔离标准。用一种叫做next-keylocking的策略来避免幻读（行锁与间隙锁组合起来用就叫做Next-Key Lock。锁定一个范围，并且锁定记录本身，在事务没有提交期间这个范围内的数据无法被修改或者添加。对于行的查询，都是采用该方法，主要目的是解决幻读的问题。）。除此之外还提供了插入缓冲（insert buffer）、二次写（double write）、自适应哈希索引（adaptive hashindex）、预读（read ahead）等高性能搞可用的功能。
在InnoDB存储引擎中，数据是按照主键的顺序进行存放的。如果没有显式的在表定义的时候指定主键（一般是不会发生这种情况的），InnoDB会为每一行生成一个6字节的ROWID（隐示字段）作为主键。
innodb 从1.2.x 开始才增加了全文索引支持。而MySQL5.6版本中innodb的版本才升级到 1.2.x。所以，mysql5.6之前的版本的innodb不支持全文索引。
2.MyISAM存储引擎
首先MyISAM引擎是不支持事务和表锁设计的，所以在高并发的情况下，该引擎的性能可能差强人意。不过MyISAM引擎支持全文索引，这使得该引擎的主要面向一些OLAP（联机分析处理，其数据量大，一次操作的数据量也很大，并且数据不可更新，只会进行周期性的刷新）数据库应用。
在MySQL5.5.8版本之前是MySQL默认的存储引擎。
MyISAM存储引擎表是由MYD和MYI组成，MYD用来存放数据文件，MYI用来存放索引文件。可以通过myisampack工具来进一步压缩数据文件。myisampack工具是使用赫夫曼（Huffman）编码静态算法来压缩数据，压缩后的表是只读的，也可以使用该工具进行解压。
在MySQL5.0版本之前，MyISAM默认支持的表大小为4GB，如果需要支持大于4GB的MyISAM表时，则需要定制数据引擎中MAX_ROWS和AVG_ROW_LENGTHSHUXING 这两个属性。从MySQL5.0版本开始，MyISAM默认支持256TB的单表数据。
| InnoDB | MyISAM |
|---|---|
| 事务√ | 事务× |
| 数据行锁定√ | 数据行锁定× |
| 外键约束√ | 外键约束× |
| 全文索引√ | 全文索引√ |
| 表空间较大，是MyISAM的两倍左右 | 表空间较小 |
总结：
MyISAM存储引擎节约空间，速度较快，适合处理分析不更新并且数据量大的历史数据。
InnoDB安全性高，支持事务和多表多用户的操作，适用于用户量大并且并发量高的业务场景
InnoDB和MyISAM在物理文件上的区别：
InnoDB在数据库表中只有一个*.frm文件，以及上级目录下的ibdata1文件。
MyISAM有 *.frm文件（表结构文件），*.MYD'件（数据文件），*.MYI文件（索引文件）。
查看数据库支持的存储引擎语句如下
SHOW ENGINES;
也可以通过information_schema架构下的ENGINES表来查看。