STM32 的时钟设计显得较为繁琐，时钟树如图所示：
1. 系统上电时刻，默认使用内部 HSI （8M）作为时钟源。HSI时钟信号由内部 8MHz 的RC振荡器产生，可直接作为系统时钟或在2分频后作为PLL输入。HSI RC振荡器能够在不需要任何外部器件的条件下提供系统时钟。它的启动时间比HSE晶体振荡器短。然而，即使在校准之后它的时钟频率精度仍较差。
上电后，可以通过选择时钟源来切换时钟到HSE。
2. 内部PLL可以用来倍频HSI RC的输出时钟或HSE晶体输出时钟。PLL的设置(选择HIS振荡器除2或HSE振荡器为PLL的输入时钟，和选择倍频因子)必须在其被激活前完成。一旦PLL被激活，这些参数就不能被改动。针对 USB 的时钟，必须提供有效稳定的48MHz时钟。
3. LSE晶体是一个32.768kHz的低速外部晶体或陶瓷谐振器。它为实时时钟或者其他定时功能提供一个低功耗且精确的时钟源。
4. LSI RC担当一个低功耗时钟源的角色，它可以在停机和待机模式下保持运行，为独立看门狗和自动唤醒单元提供时钟。LSI时钟频率大约40kHz(在30kHz和60kHz之间)。
5. 时钟安全系统(CSS)。时钟安全系统可以通过软件被激活。一旦其被激活，时钟监测器将在HSE振荡器启动延迟后被使能，并在HSE时钟关闭后关闭。如果HSE时钟发生故障，HSE振荡器被自动关闭，时钟失效事件将被送到高级定时器(TIM1和TIM8)的刹车输入端，并产生时钟安全中断CSSI，允许软件完成营救操作。此CSSI中断连接到Cortex™-M3的NMI中断(不可屏蔽中断)。
6. 时钟输出。STM32 微控制器允许输出时钟信号到外部MCO引脚。SYSCLK/HSI/HSE/除2的PLL时钟
其余APB1/APB2/ADC/SDIO/等等的时钟配置约束，参考时钟树的说明进行配置即可。