写在前面
传统的火山图只能展示两组差异，但是如果我们将曼哈顿图的构思融入到火山图中，就可以在一个火山图中展示多组差异。构思来自Cell文章。
传统热图：
本次更新了两种类型火山图：
聚类火山图：
仅做两组之间的差异，但是将变化趋势相似的OTU进行聚类，按照类别分别展示不同聚类模块的差异。方便我们寻找一大类具有相似差异的模块进行后续分析。
多组火山图：
由于传统火山图展示两个分组之间的差异，我们将多个分组两两组合差异分析的结果调整展示到一张图片中，可以更好的观察不同分组之间的差异情况。
实战-多聚类火山图
library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)
data(ps)
# 准备脚本-函数来自三人成师第一版，目前更新到第五版本
source("./EdgerSuper.R")
source("./EdgerSuper2.R")
source("./Mui.cluster-group.volcano.R")
# source("./Plot.CompareWithCK.R",encoding = "utf-8")
group1 = c("OE","WT")
b= data.frame(group1)
diffpath.1 = "./"
res = EdgerSuper(ps = ps,group = "Group",artGroup =b,
j = "OTU",
path = diffpath.1
)
head(res)
result = Mui.cluster.volcano(res = res)
p = result[[1]]
pp = result[[2]]
p
ggsave("cs.pdf",p,width = 8,height = 6)实战-多组火山图
#----多组火山图#------
diffpath.1 = "./result_cs"
dir.create(diffpath.1)
# 本-函数来自三人成师第一版，目前更新到第五版本
res = EdgerSuper2 (ps = ps,group = "Group",artGroup =NULL,
j = "OTU",
path = diffpath.1
)
head(res)
result = Mui.Group.volcano (res = res)
p = result[[2]]pggsave("cs4.pdf",p5,width = 12,height = 6,limitsize = FALSE)猜你喜欢iMeta简介 高引文章 高颜值绘图imageGP 网络分析iNAP
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写在后面为鼓励读者交流快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”讨论群，己有国内外6000+ 科研人员加入。请添加主编微信meta-genomics带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。高级职称请注明身份，另有海内外微生物PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
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