【3月30日直播】新冠病毒全基因组测序——Midnight试剂盒及整体解决方案

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新冠疫情肆虐全球，基于Nanopore测序技术和数据分析在全球感染性疾病防控中的优势充分显现出来。该平台使用灵活、操作简便、产出快速、分析实时等特征为公共卫生、疫情防控提供了有力的支持与保证。本专题针对新冠病毒全基因组测序的Midnight试剂盒及整体解决方案进行了详细解析。同时分享了新冠病毒全基因组测序数据、技术参数以及客户体验感受。

3月30日，我们邀请到来自湖南省疾病预防控制中心向星宇博士和Oxford Nanopore Technologies中国区领域应用技术专家苏旭东博士，带来纳米孔长读长测序技术在全球新冠疫情中的应用及Midnight新冠全基因组测序工作流程的线上研讨会。

日程

3:00 - 3:05 pm

开场介绍

演讲嘉宾：苏旭东

3:05 - 3:30 pm

主题一：Midnight试剂盒——运用牛津纳米孔技术进行SARS-CoV-2全基因组测序

◾纳米孔测序在全球新冠疫情中的应用

◾Midnight新冠全基因组测序试剂盒原理、流程、数据表现

◾纳米孔新冠全基因组数据分析流程介绍

演讲嘉宾：苏旭东

3:30 - 4:00 pm

主题二：Nanopore三代测序在湖南省新冠肺炎疫情防控中的应用

◾新冠肺炎阳性标本的病毒变异常规监测

◾基于三代测序平台的ARTIC叠瓦式扩增子建库测序方法

◾运用Midnight V1200建库方法对德尔塔病毒的测序

演讲嘉宾：向星宇

4:00 - 4:15 pm

问答环节

演讲嘉宾：苏旭东、向星宇

主讲人介绍

向星宇博士

邮箱：

[email protected]

向星宇，男，湖南省疾病预防控制中心微生物检验科主管技师，主要从事流感、麻疹/风疹等呼吸道病原的检测、分离与鉴定工作。承担“十三五重大专项”子课题一项，发表中英文论文多篇。参与课题“发热呼吸道症候群病原检测平台的建立与新病原的发现”获湖南省预防医学科学技术奖一等奖（2018年）。从2020年开始，承担全省的新冠病毒的基因组测序与分析溯源工作。

演讲摘要: Nanopore三代测序在湖南省新冠肺炎疫情防控中的应用

为了更好的开展新冠病毒溯源及变异监测等疫情防控工作，为流行病调查和风险评估提供技术支撑，2020年湖南省疾病预防控制中心采购了Nanopore的Gridion三代测序平台。从2021年起，湖南省疾控中心利用三代测序平台开展了输入性病例阳性标本的病毒变异常规监测，从本省入境航班中陆续检出贝塔、阿尔法、德尔塔和奥密克戎等变异株，为评估本省输入风险和病毒变异趋势提供了实验室依据。除了常规监测，在2021年7月湖南省德尔塔疫情中，我们使用了基于三代测序平台的ARTIC叠瓦式扩增子建库测序方法，利用其操作简便、通量高、测序周期短等优点，在人员、设备短缺的条件下，利用1套设备完成了全省140多例病例的测序溯源工作。在其后10月另一起德尔塔疫情中，我们又应用了midnight V1200建库方法，进一步缩短了建库时间，提升了操作的便捷度。三代测序溯源还被用于快速鉴定某些疫苗污染引起的假阳性事件，使得流行病学调查与事件处置更为顺利。随着病毒的不断变异，基于多重PCR的叠瓦式扩增子建库方法也遇到了挑战。变异位点的不断增加导致文库中某些扩增子的敏感性降低或缺失，为此我们也在工作中不断改进，进行调整和改进，最终获得一个满意的结果。