全基因组鸟枪法测序是在获得一定的遗传及物理图谱信息的基础上，绕过bac克隆逐个排序的过程，将基因组DNA分解成2kb左右的小片段进行随机测序，辅以一定数量的10kb的克隆和bac克隆的末端测序，利用超级计算机进行整合进行序列组装的测序过程。
全基因组鸟枪法测序的主要步骤是：
第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb左右的基因组文库。克隆数要达到一定数量，即经末端测序的克隆片段的碱基总数应达到基因组5倍以上。
第二，高效、大规模的末端测序。对文库中每一个克隆，进行两端测序，TIGR在完成流感嗜血杆菌的基因组时，使用了14台测序仪，用三个月时间完成了必需的28,463个测序反应，测序总长度达6倍基因组。
第三，序列集合。TIGR发展了新的软件，修改了序列集合规则以最大限度地排除错误的连锁匹配。
第四，填补缺口。有两种待填补的缺口，一是没有相应模板DNA的物理缺口，二是有模板DNA但未测序的序列缺口。建立了插入片段为15-20kb的λ文库以备缺口填补。
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