转录组的技术应用
| 序言 转录组技术在生物学、医学、农学中的应用 随着第二代测序技术的迅猛发展，其高通量、快速、低成本的特点成为越来越多的生物学研究者在解决生物学问题时的首选，尤其在转录组测序方面更显示出极大的潜力。转录组（transcriptome）是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容。转录组是连接基因组遗传信息与生物功能（蛋白质组）的必然纽带，同时相对于真核生物全基因组测序来说，转录组测序得到的序列不含有内含子及其它非编码序列，因此转录组测序有着无可比拟的高性价比优势。研究基因组结构的复杂性及遗传语言的根本规律，更需要对测序所得的海量数据进行精准且全面的揭示和分析，于是生物信息学便成为一门迅速兴起的交叉学科，它位于生物、计算机、数学等多个领域的交叉点上，不断深入去探索碱基序列数据背后的生物学意义。目前转录组测序及分析技术可以解决新基因的深度发掘、低丰度转录本的发现、转录图谱绘制、可变剪接的调控、代谢途径确定、基因家族鉴定及进化分析等各方面的问题。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，已经被广泛应用于生物学、医学、农学等许多领域。 第一章 转录组技术在生物学中的应用 转录组高通量测序技术可以为您解决什么生物学问题？ 快速获得您感兴趣的细胞、组织或生物体内的mRNA种类及其丰度，帮助您发现由于可变剪接或者可变多聚腺苷化位点选择所产生的新mRNA isoforms；快速获得您感兴趣的不同细胞或者不同组织内的mRNA种类及其丰度，分析mRNA的差异表达信息。通过差异表达基因功能分析，可以发现在细胞分化，特别是胚胎干细胞和神经干细胞分化，机体发育，信号转导等生物学过程中基因表达调控改变的整体特征；如果您希望研究某种基因如何通过改变细胞的基因表达调控网络来发挥其生物学功能，您可以对该基因进行突变、敲除或敲低，然后对照组和实验组的细胞内的RNA-seq分析，通过差异表达分析即可以快速全面获得您需要的信息。 案例1、不同细胞间表达差异 Marc Sultan,et al.AGlobal View of Gene Activity and Alternative Splicing by Deep Sequencing of theHuman Transcriptome. Science 2008,321:956-960. 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。Marc Sultan等研究者对HEK细胞系和B细胞系进行转录组高通量测序，经生物信息学分析，50%的序列比对到了唯一的基因组位置，其中80%的位置与已知外显子相匹配，66%带polyA尾的转录本比对到已知基因，34%没有注释到具体的基因组位置。已知转录本中，转录组高通量测序检出数据比微阵列多25%。此外，该研究对mRNA剪接事件进行了全局研究，发现了94241种剪接方式（其中4096种是以前未经鉴定的），外显子跳跃是其中最主要的可变剪接形式。对基因的差异表达进行分析，发现55个基因在淋巴细胞中过表达，这些基因富集在Ras信号转导通路和免疫系统中；271个基因在B细胞系中高度活跃，主要是MHC class II 相关受体 和CD38, LCK (lymphocyte-specific proteintyrosine kinase), ZAP70 (zeta chain–associated proteinkinase 70 kD), CD19, and BLK (B lymphoid tyrosine kinase) 信号通路中相关因子；2669个HEK细胞特异基因中，高表达的前1000个基因参与DNA锚定和细胞骨架与胞外基质的结合过程。 转录组高通量测序使直接全面探索人类转录组的复杂性和动态性成为可能。该研究的细胞内和细胞间选择性剪接的对比研究，以及对基因表达的同步分析是前所未有的，其研究成果远超出现有哺乳动物基因组注释图。 案例2、对单个细胞的转录组分析 Fuchou Tang,Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, et al. mRNA-Seq whole-transcriptome analysisof a single cell. Nat Methods, 2009, 5:377-382. 高通量转录组测序方法在过去就已开发，但是需要相当大量的RNA，这就需要从多个细胞中收集，而且这种合并的分析不能反映单个细胞中发生的事件。研究人员通过选择性扩增带有polyA尾巴的RNA来解决这个问题——这种方法在挑出mRNA的同时也挑出了一些非编码RNA。他们还略微调整了构建RNA文库的方法以改善其重复性，然后才进行RNA测序、以及将数据定位于小鼠RefSeq数据库的转录本。 研究人员仅对一个小鼠卵裂球细胞的mRNA- Seq进行检测分析，通过至少5个reads发现了相对微阵列技术多出75％（5270）的表达基因，并确定了1753个前所未知的剪切位点。此外，在相同的卵裂球或卵母细胞中8-19％的表达基因存在至少两个以上不同的的转录本，这明确地表明了单个细胞在全基因组规模下的剪切异构体的复杂性。最后， 在缺乏Dicer和Ago2 （Eif2c2）的小鼠卵母细胞中，与野生型卵母细胞相比，分别发现1696和1553个基因异常上调，其中619个基因在两种突变体中都有上调；而Dicer和Ago2的敲除分别导致1571和1121个基因表达下降，其中589个基因在两种突变体中都有下调。这种单细胞mRNA- Seq检测将大大提高我们对单个细胞在哺乳动物发展中转录复杂性的分析能力， 尤其是胚胎发育早期和干细胞这类在体内罕见的细胞群。 案例3、哺乳动物组织的转录组分析 Ali Mottazavi, Williams BA, McCue K, et al. Mapping and quantifying mammalian transcriptomes byRNA-seq. Nat Methods, 2008,5(7):621-8. 哺乳动物基因组的巨大性和复杂性给其转录组研究带来严峻挑战。Mortazavi等研究员结合Illumina测序平台，对成年小鼠的脑、肺、骨骼肌组织RNA进行转录组高通量测序及分析，获得1.4亿数据，约90%的位置与已知外显子相匹配，同时也发现了未见报道的序列信息。约3000个新鉴定的3’UTR，可能在microRNA介导的转录后水平和翻译水平调控中起重要作用；约3000个新鉴定的5’外显子，提示有新的启动子序列被利用。尤其在RNA剪接方面，该研究利用高通量测序获得的海量数据，对比到约2×105种可能剪接方式的数据库，鉴定出1.45×105种不同的剪接方式，其中可变剪接占主导，3500个基因拥有至少一种内部剪接方式。 该研究成果表明，高通量测序技术不仅能够检测到低丰度转录本，而且可以发现未知转录本，精确识别可变剪接位点，提供全面的转录组信息，这些均是芯片杂交技术或SAGE文库测序技术无法比拟的，是目前深入研究转录组复杂性的有力工具。 案例4、物种间表达差异 Augix Guohua Xu, Liu He, Zhongshan Li, et al.Intergenic and Repeat Transcription inHuman, Chimpanzee and Macaque Brains Measured by RNA-Seq. PLoS Comput Biol 2010; 6(7): e1000843. 在人类各组织器官中，大脑转录组是复杂程度最高的组织器官之一。Augix Guohua Xu等研究者利用高通量测序技术研究了人、黑猩猩和恒河猴三个物种的大脑在不同年龄段的基因表达量。三个物种中，只有20–28%的转录本可以比对到注释的外显子区，20–23%的转录本比对到内含子上，来自内含子和基因间区的重复序列占大脑转录组的40–48%。一些重复家族表现出转录本拷贝数升高。在非重复基因间区，研究者鉴定出1093个在人大脑中显著高表达的区域。这些区域在灵长类RNA表达水平和哺乳动物DNA序列水平都具有保守性。20%的转录本在已知基因的3’UTR有延伸，这可能在可变microRNA调控基因表达中发挥作用。最后，研究者发现物种间的转录组表达差异随着进化时间的增加而逐渐增大，相比外显子，基因间区转录本表现出更大的差异表达。该研究结果显示，高通量测序技术发现人大脑中存在很多尚未鉴定出的进化保守的转录本，并且其中一些转录本可能在转录水平调节和人特有的表型特征进化中起作用，为从分子水平上揭示大脑发育机制提供了有效方法。 第二章 转录组技术在医学中的应用 转录组高通量测序技术可以为您解决什么医学问题？ 在癌变和其他复杂疾病发生和发展过程中，细胞内的基因表达模式会发生显著改变。如果您是临床医生或者从事相关研究的科学家，希望快速全面掌握您感兴趣的癌症或者其他疾病发生中基因表达模式的改变，对该疾病的诊断和治疗提供重要解决策略；那么，RNA-seq可以通过对照正常样本和疾病样本中表达模式发生显著变化的基因，及其功能分析快速为您提供正确答案。在细菌和病毒侵染时，细胞内的基因表达模式也会发生显著变化。这些变化对机体的抗感染功能至关重要。如果您是从事相关研究的医生或者科学家，希望快速全面掌握在某病毒或者细菌侵染过程中细胞基因表达模式的改变特征，为有效抵抗病原侵染提供重要解决策略；那么RNA-seq可以通过对照正常样本和侵染样本中表达模式发生显著变化的基因，及其功能分析为您提供正确答案。 案例1、癌细胞和组织中的基因融合 Maher CA, Sinhal CK, Cao XH, et al. Transcriptomesequencing to detect gene fusions in cancer. Nature, 2009, 458: 97-101. 2009年美国密歇根大学医学院的Christopher A. Maher等研究者采用转录组高通量测序技术对癌细胞进行测序分析，以期找到新的基因融合。该研究成功“重新发现”了慢性粒细胞白血病细胞中BCR-ABL1 10的基因融合、前列腺癌细胞和前列腺癌组织中TMPRSS2-ERG2基因融合。另外，研究者还验证了在癌细胞和肿瘤组织中导致嵌合转录的新的基因融合（SLC45A3-ELK4）。 表征癌细胞中特定基因组失常在确定癌症的治疗目标中有重要的作用，因此确定诱发癌症的基因失常是癌症研究的一个主要手段。由癌细胞中染色体重新排列而导致的基因融合被认为是一些最普遍的“癌症基因”产生的主要原因。由于它们在致癌过程中的诱发作用和精确地癌细胞局限性，融合基因可以描绘出理想的诊断标记物和合理的治疗目标物。周期性基因融合，与血液恶性肿瘤、罕见骨肿瘤及软组织肿瘤密切相关，并且最近还发现了其在一些常见的实体瘤中的作用，如：前列腺癌和肺癌。Christopher A. Maher等人通过对不同细胞系进行转录组测序及后续的qRT-PCR、FISH、Array CGH或高密度SNP Array的验证，证实了转录组测序对于检测基因融合是一个非常有效地工具。另外，在Christopher A. Maher等人用Illumina GenomeAnalyzer进行转录组测序的研究中，为了消除假阳性数据，克服缺少长读子的深度及减少局部基因定位排列中的短读子的难度，长读子和短读子的序列数据被并入到一起进行分析。结果证明，这种整体化的处理方法极有效地减少了假候选基因并大大增加了试验可行的候选基因的比率。 一个重要的局限性则是，当邻侧的两个基因只引起调控序列的融合而不是转录序列的时候，则不能使用转录组测序这个方法。但无论如何，该研究建立了基于转录组高通量测序技术发现新基因融合的可靠方法路线，为系统界定癌症相关突变开辟了重要途径。 案例2、发病机制研究 Vincent M.Bruno, Zhong Wang, SadieL.Marjani, et al.Comprehensive annotation of the transcriptome of the human fungal pathogenCandida albicans using RAN-saq. Genome Res, 2010, 20:1451-1458. 白色念珠菌是一种侵染人类的主要真菌病原体，通过表面粘膜感染扩大疾病范围，也可通过血液传播，引起系统性感染从而引发多种疾病，通常危及生命。目前患病率不断增加，现有抗菌疗法的抗药性也在不断增强。通过对发病分子机理的理解和耐药性的采集，使推动新治疗方案的确立更有希望。而对白色念珠菌的转录调控方式有一个完整的描述，是全面了解发病机制所必不可缺的。 白色念珠菌引起疾病的能力在很大程度上依赖于受到不同环境刺激后通过改变其转录组水平的应激反应，以确保自身在不同宿主环境中的生存。研究人员通过对9种不同环境下的白色念珠菌转录组进行高通量测序，定量覆盖所有被测区域，构建了不同条件下的白色念珠菌转录组高分辨率图谱，确定了602个新的转录活跃区域，及众多不在目前基因组中所标注出的内含子。有趣的是，这些转录活跃区域的表达是通过特定环境所调控。研究人员将获得数据进行了聚类分析和功能富集分析，并用实时荧光定量PCR的方法对其中的41个基因（包括26个新转录本和l5已注释转录本）进行了验证。这种综合性的转录分析方法不仅显著增加了对白念珠菌现有基因组信息的注释，也为更全面的了解这一重要真核病原体发病的分子机制提供了必要的框架。 案例3、病毒侵染过程中细胞基因表达模式的改变 Z. Yang, D.P. Bruno, C.A. Martens, et al, Simultaneoushigh-resolution analysis of vaccinia virus and host cell transcriptomes by deepRNA sequencing. Proc Natl Acad Sci U S A, 2010,107: 11513–11518. 病毒侵染过程中除了病毒基因的激活，通常还伴随着细胞基因表达的紊乱。发展新的DNA测序技术需要能够从被侵染的细胞中同步且高分辨率的分析病毒和细胞的mRNAs。同时，基因的密集重叠和从头到尾读完下游开放阅读框（ORFs）所产生的mRNA使分析病毒的转录组变得更加复杂。高分辨率的RNA深度测序则能够鉴别出一些由于从头到尾读完的转录产物导致的而部分重叠开放阅读框（ORFs）。 Zhilong Yang等研究者利用RNA深度测序技术对感染牛痘病毒（VACV）后不同时段的VACA病毒和HeLa细胞的转录组进行了同步研究。测序共得到大约5亿条短cDNA序列，构建了不同感染时间的完整VACV转录组和超过14,000条的宿主mRNA。病毒DNA复制前，检测到118个开放阅读框（ORFs）的转录本；复制后，又检测到另外93个开放阅读框的转录本。高通量测序技术使得很多mRNA的边界得以精确的界定。按感染时间分析，与DNA合成一样，在蛋白质抑制物存在时合成早期mRNA的两个簇，暗示他们和其他DNA病毒不一样，不分即早期和晚早期发展阶段。在4h时，病毒编码的mRNA占总转录RNA的25–55%。这一快速的变化，导致大量宿主mRNA含量下降，进而导致宿主蛋白质合成的急剧下降而丧失抗病毒能力。但是在2h时，宿主mRNA有小幅度的增加，这些上调RNA为NF-κBcascade，凋亡、信号转导、配体介导的信号因子，似乎参与宿主对病毒浸染的应答反应。 简而言之，这项研究证明了用RNA深度测序的方法分析病毒与宿主之间的相互作用和病毒的转录组比以前使用的方法要更加完整和全面。把RNA深度测序技术应用到用细胞溶解型病毒或非细胞溶解型病毒侵染不同类型的细胞（包括休眠细胞）的研究中，将会有很大的科研空间和科研价值。 案例4、组织转录组测序数据揭示了大量的看家基因 Ramsköld D, Wang ET, Burge CB, Sandberg R.An Abundance of UbiquitouslyExpressed Genes Revealed by Tissue Transcriptome Sequence Data. PLoS ComputBiol,2009,5(12): e1000598. doi:10.1371/journal.pcbi.1000598. 在分子生物学研究中，一个基本问题就是不同的细胞和组织在基因表达中有何不同，这些区别如何表示不同的生物功能。在一个组织或细胞中，基因组中被转录的部分则能反映该组织或细胞所进行的生物过程和功能，比如哪部分细胞机能表示所有细胞需要的看家功能，多少基因编码这个功能等。哺乳动物组织的转录组可以用多种方法研究，如再联合动力学（Rot），基因组表达连续分析技术（SAGE）,生物芯片，ESTs技术，深度RNA 测序技术等。其中深度RNA测序（RNA-Seq）由于高灵敏度和高重现性，比生物芯片更有效。其可以检测低表达和不同表达的基因，且表达值与蛋白质水平的关联度也更好。 Ramsköld D等研究者在基因水平上，通过分别对人或鼠的组织和细胞系的深度RNA测序（RNA-Seq）的数据的分析，表征了哺乳动物组织转录组的特征。一共大约有8,000个蛋白质编码基因被发现是普遍表达的，并且在多数组织中通过信息复制数目作用于大约75%的mRNA。这些mRNA通常在胞内编码蛋白质，并且主要参与新陈代谢，转录，一些RNA 进程或者翻译。相反的，和分泌或质膜蛋白有关的基因主要在一个组织的细胞亚型中表达。基因的表达水平分布地非常广泛且连续，目前没有任何数据支持基因显著地表达类型的概念。只包括读子的基因定位到编码外显子的表达测定比同时还包括3’非翻译区域（UTRs）的表达测定能更好地和qRT-PCR数据相关联。在肌肉和肝组织中含有最少的复杂转录组，只有主要的看家基因被表达并且大段的转录产物只来源于少量的高度表达的基因；脑，肾和睾丸表达的转录组则比较复杂，并且大多数的基因被表达，并且高度表达基因的贡献相对较小。在脑中表达的mRNA通常带有长3’UTR，其平均长度要长于参与生长发育、形态生成和单传导的基因，这增加了这些基因基于UTR调控的复杂性。 由于看家基因没有候选基因在确定细胞识别和反应的决定因素中有价值，所以当通过基因表达聚集样本时，通过UTR确定这些看家基因可以分离或舍弃它们。同时由于看家基因很少参与遗传性疾病，分离或舍弃这些基因也能简化在研究遗传连锁或遗传关联疾病史对疾病候选基因的筛选。因此该研究发现的看家基因在3’UTR长度上的特点，对于表征看家基因，简化某些基因表达的研究有重大的作用。 第三章 转录组技术在农业中的应用 转录组高通量测序技术可以为您解决什么农业问题？ 在植物的正常生长，抗旱、抗逆、以及优良品系培育等过程中细胞的基因表达模式会发生显著变化。如果您是从事农业研究的科学家或农学家，RNA-seq可以通过对照正常样本和您感兴趣样本中表达模式发生显著差异的基因让您快速全面掌握在您感兴趣的植物性状中起重要功能的基因，给力您育种或者相关农业应用研究的进程。 案例1、水稻转录组分析 Guojie Zhang,Guangwu Guo,Xueda Hu,et al.Deep RNAsequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the ricetranscriptome.Genome Res,2010,20:646-654. 在真核生物中，掌握转录组的动态变化对研究转录调控的复杂性以及转录调控对表型的影响至关重要。迄今，对转录组中单个碱基差异分析涉及甚少，尤其是植物。在过去的几十年里，水稻因其农业价值而被广泛研究。Zhang等研究者运用RNA高通量双向深度测序技术，首次展现了水稻八个组织部位的转录本表达图谱全貌，并且能够精确检测到丰度非常低的转录产物，获得相当可观数量的全新转录本、外显子、非编码区。经生物信息学基础分析和深度分析，揭示了顺式剪接在水稻基因中占33%以上，234个推测嵌合转录本可能由反式剪接产生，大量融合转录本可能是可变剪接的副产品，其数据量和信息量远远高于已有报道。 该研究最有趣的发现之一是，水稻转录组包含大量嵌合转录本，表明转录本融合比之前预想的要平常。详细的CTs序列分析表明，反式剪接可能是形成融合转录的一个重要机制。我们还发现许多含有这些融合转录本的开放阅读框汇集了来自不同基因的特定蛋白结构域，提示可能形成具有新相互作方式的蛋白。虽然对水稻中一个融合转录本真正功能的评估还需要进行更多的分析，该研究为水稻不同基因之间在转录后融合以产生更复杂的外显子同源重组提供了新的研究手段。 高通量测序技术使水稻转录组信息得到了极大的丰富，帮助研究者更全面的认识转录本的多样性和复杂性，拓展了未来农业研究的领域。 案例2、拟南芥可变剪接研究 Sergei A. Filichkin, Henry D. Priest, Scott A. Givan, etal. Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana. GenomeRes, 2010,20:45-58. SergeiA.Filichkin等研究者采用转录组高通量测序技术对拟南芥进行可变剪接分析，发现42%以上具有内含子的基因具备可变剪接形式，这个数据远远高于EST测序方法（20%-30%）。可变剪接转录本多数具有提前终止密码子（PTC+），PTC+可作为无义介导的mRNA降解监控机制（NMD）的靶标，或通过调控非预期剪接和转录机制（RUST）来调控功能转录本水平。该研究还发现在不同环境因素胁迫下，PTC+及相关剪接变体的相对比率会随之发生转变。研究成果还提示，和动物体内类似，NMD和RUST同样在植物体内的基因表达中广泛存在并扮演非常重要的角色。 案例3、茶的转录组分析 Shi CY, Yang H, Wei CL, Yu O, Zhang ZZ, Jiang CJ, Sun J, Li YY, Chen Q, Xia T, Wan XC.Deep sequencing of the Camellia sinensis transcriptomerevealed candidate genes for major metabolic pathways of tea-specificcompounds. BMC Genomics. 2011 Feb 28;12:131. 茶叶中含有大量的次级代谢产物如多酚、茶氨酸、香精油等，使得茶饮品成为使人体健康受益很大的饮料。同时，茶也是一种经济上重要的园艺作物和研究自我不相容性的模式生物。但是，由于此物种的基因组较大（4GB），遗传学研究工具（如组织培养、转化）有限，所以可用的基因组信息量较少，在茶的科学研究上存在较大的局限性。之前获得的茶的基因信息大多利用EST测序技术，但是，EST测序存在很大的局限性，低通量、高费用、无法定量表达基因的缺点让科研工作者将目光转移到具有变革性的RNA-seq技术。 Shi等研究员利用Illumina高通量技术获得C.sinensis转录组信息，通过空前的深度（2.59gigabase pairs）分析，大概得到34.5million的数据量，经过整理组合得到127094个unigenes，平均长度在355bp，这些数据差不多是现存于GenBank数据库中的10倍左右。与六个公共数据库比对进行序列相似性分析后发现55088个unigenes无法通过基因描述、保守蛋白结构域或者基因存在论术语进行注释。部分unigenes与假定的代谢途径相关，通过目标寻找发现大多数基因参与与茶质量有关的多种初级代谢途径和自然产物途径，如黄酮类化合物、茶氨酸和咖啡因的合成途径。同时，也发现一些新的参与次级代谢途径的候补基因。在这次研究中获得的如此大的数据量是之前数据库中所没有的，而且与茶氨酸、黄酮类化合物合成相关的13种基因被确定，它们在茶的不同组织中的表达模式通过RT-PCR和实时定量PCR分析获得。 该研究利用转录组高通量测序技术获得的茶的转录组信息将成为此物种基因表达、功能基因组研究的重要信息公共平台，为后续研究提供大量的信息参考。同时，在提高茶叶质量方面的研究提供了重要的依据，也为人类健康做出重要贡献。 案例4、芝麻的转录组测序 Wenliang Wei, Xiaoqiong Qi, et al. Characterization ofthe sesame (Sesamum indicum L.) global transcriptome using Illumina paired-endsequencing and development of EST-SSR markers. BMC Genomics,2011, 12:451 芝麻，作为一种重要的油料作物，脂肪酸的生物合成其及新陈代谢的分子机制的研究显得尤为重要。但是，目前现有的转录组、基因组数据不足以支持其继续研究。此外，较少的分子标记（EST-SSR）也影响了芝麻遗传育种的效能与准确性。因此，高通量转录组数据的获得是推动其研究关键性的一步。 Wenliang Wei等研究者利用Illumina的末端配对测序技术对5种系列的芝麻进行了转录组的测序。测序分析获得的86,222 unigenes，平均长度在629bp。其中54.03%在NCBI和SwissProt上找到注释，25.52%在KEGG（Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes Pathway database）上绘制出119条路径。44,750 unigenes与拟南芥的15,460基因具有同族关系。此外，新现了7,702 SSRs（EST-SSR），随机选择其中的50个EST-SSRs进行扩增验证，并确定基因组DNA富集的多样性的程度。结果发现有40对引物顺利地扩增了DNA片段，在 24个位置上有重要的多态性现象。 该研究表明快速、高效I llumina的末端配对测序技术在非模式生物的基因发现和分子标记的开发研究中起到了关键性的推动作用，并且为以后的研究提供了大量的数据资源。 附录 已测序物种 已测序的生物指其基因组已经被完全测序的生物。其中部分生物的DNA序列已经被完全注释，功能性的片段（如基因等）已作图。 动物 ü Homo sapiens - 人 ü Pan troglodytes - 黑猩猩 ü Mus musculus - 小鼠（模式生物） ü Rattus norvegicus - 大鼠 ü Zebrafish - 斑马鱼（模式生物） ü Drosophila melanogaster - 黑腹果蝇（模式生物） ü Caenorhabditis elegans - 秀丽隐杆线虫（模式生物） ü Caenorhabditis briggsae - 一种线虫 ü Gallus gallus - 鸡 ü Bos taurus cattle - 牛 ü Bubalus bubalis - 水牛 ü Canis lupus familiaris dog - 狗 ü Felis catus - 猫 ü Platypus - 鸭嘴兽 ü Fugu rubripes - 河豚 ü Apis mellifera - 蜜蜂 ü Anopheles gambiae - 疟蚊 ü Panda – 熊猫 植物 ü Arabidopsis thaliana - 拟南芥（模式生物） ü Guillardia theta - 一种隐藻 ü Oryza sativa - 水稻 ü Glycine max – 大豆 真菌 ü Ashbya gossypii - 感染柑橘类和棉花的真菌 ü Aspergillus fumigatus - 烟曲霉，人类致病菌 ü Aspergillus nidulans - 构巢曲霉 ü Debaryomyces hansenii - 耐盐的酵母 ü Encephalitozoon cuniculi - 一种单细胞微孢子虫 ü Kluyveromyces lactis - 具有潜在药用生产价值的酵母 ü Kluyveromyces waltii - 一种酵母 ü Magnaporthe grisea - 稻瘟病病菌 ü Neurospora crassa - 粗糙脉孢菌，橙色的面包霉，模式生物 ü Phanerochaete chrysosporium - 白腐病病菌 ü Saccharomyces cerevisiae - 酿酒酵母（模式生物） ü Schizosaccharomyces pombe - 粟酒裂殖酵母 ü Yarrowia lipolytica - 一种酵母 ü Candida albicans - 白色念珠菌，人类致病菌 原生生物 ü Leishmania infantum - 一种利什曼原虫 ü Leishmania major - 一种利什曼原虫 ü Plasmodium falciparum - 恶性疟原虫 ü Plasmodium yoelii yoelii - 约氏疟原虫，引起啮齿动物疟疾 ü Thalassiosira pseudonana - 一种海洋硅藻 ü Trypanosoma brucei - 一种锥体虫 ü Trypanosoma congolense - 一种锥体虫 ü Trypanosoma cruci - 一种锥体虫 ü Trypanosoma vivax - 一种锥体虫 免责说明：以上信息均来自武汉生命之美科技有限公司的网站--转录组宝典http://www.ablife.cc/book/bookContentAction?id=38 |