二级索引(Secondary Index,也称辅助索引或非聚簇索引)，叶子节点并不包含行记录的全部数据。叶子节点除了包含键值以外，每个叶子节点中的索引行中还包含了一个书签(bookmark)。该书签用来告诉InnoDB存储引擎哪里可以找到与索引相对应的行数据。由于InnoDB存储引擎表是索引组织表，因此InnoDB存储引擎的二级索引的书签就是相应行数据的聚簇索引键。
二级索引的存在并不影响数据在聚簇索引中的组织，因此每张表上可以有多个二级索引。当通过二级索引来寻找数据时，InnoDB存储引擎会遍历二级索引并通过页级别的指针获得指向主键索引的主键，然后再通过主键索引来找到一个完整的行记录。