比较基因组学中-利用单拷贝基因构建进化树

（1）同源基因的查找

　　OrthoMCL or Orthofinder；

（2）多序列比对

　　Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee， Muscle 效果好点

（3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergene

　　Gblocks　　

（4）进化树构建

　　RaxML MEGA 等，  很多文献用RaxML

（5）分化时间分析 divergence time

　　mcmctree. PAML中的一个程序

（6）基因扩张收缩分析

　　CAFE　　

（7）基因是否收到正选择

　　conmel PAML中一个程序