化学生物学进展_02

1. 蛋白在细胞内的平均寿命：最多可达数天，血红蛋白可存在长达3月，测血糖测的是糖化血红蛋白；平均寿命是7-8h，histone存在时间长，而转录因子存在时间短。

2. 同一个基因coding的protein的form多种多样，不同状态下有不同的form。

3. 不同的form如何产生：

4. 调控举例：
   氧化-不稳定
   泛素化-degradation
   甲基化和乙酰化修饰acetylation
   signaling-磷酸化/形成complex，传递信号

5. 到底有多少proteoform
   histone 4 75种proteoform
   PTM(Protein Post-translational Modification) 蛋白转录后修饰
   
   

怎么研究PTM？

修饰位点，修饰机理，对结构和功能的影响
对于histone：在什么地方以及writer，reader，eraser等 可以确定pathway；crosstalk between PTMs；function的研究没有high-though 方法

（1）用修饰residue的抗体-beads富集经修饰的蛋白


糖基化修饰有O-link和N-link

protein的糖基化
如果富集这些糖链，应用类似糖的化学类似物，外来型的混合物，能够替代细胞内的分子，如在glucose加化学修饰，经38步化学反应，加上了叠氮和炔基

因为加的基团很小，glucose类似物可以被送到细胞内，transferase也无法区分，label完以后可以帮我们检测什么样的protein，什么样的site修饰，最终经过富集可以把这些物质收集出来。
N-link
如何enrich叠氮和炔基呢？

click reation
生物正交

生物正交的条件：
必须在水相中+常温+有氧
生物环化反应的结果通常是生成环化的化合物

下面的这篇文章比较了生物正交的优缺点：

糖基化修饰的总结：找receptor，
糖-脂肪修饰-beginning-研究糖的生物学功能
end-log

6. 脂质
   
   六类比较大型的酯类
   linzhi
   tangzhi
   胆固醇
   花生四烯酸

linzhi从甘油三酯转化而来–糖脂代谢相通

酯类最重要的功能是构成膜系统，形成一个稳定的结构
其二就是信号传导如IP3 DAG
其三是修饰蛋白，zhihau蛋白，如autophage有一步就是


protein lipidation-lipid secretion/autosis/menmbrane 摄取

lipidation如何修饰蛋白上面文章有说，可以看

化学修饰学

Howard hang第一次用蛋白组学profiling了蛋白的功能

鉴定lipidation site是困难的，这篇文章的方法鉴定了taget了site，IFITM3是抗病毒的

lipidation site难鉴定，是因为它的疏水性，脂谱测不到。
用qiangan去掉cysdine，鉴定裸露位点

IFITM3
用了image的方式和非天然氨基酸

脂肪酸的合成，修饰protein的综述
DHCC
胆固醇的修饰shh