Popgene分析方法：
SSR为显性分子标记，故将实验分析数据作为单倍型数据进行统计，在某一位点上依据条带的有或无分别记为1或0，输入Excel表中形成二元数据矩阵。在此数据基础上进行如下统计分析：多样性分析，运用POPGENE Version 1.31软件计算地椒各种群间及种群内全部个体多态位点百分率、种群总基因多样性（Ht）、种群内基因多样性（Hs）、种群间的遗传分化指数（Gst）（Gst= 1 - Hs/Ht）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Nei’s 遗传距离和遗传一致度及Shannon多样性信息指数（I），并对种群间及种群内个体进行聚类分析。可配合采用Arlequin Version 3.01软件包进行AMOVA分析，统计种群内和种群间的方差、方差分量及贡献率，依此量化评价基因多样性在种群间和种群内的差异和贡献，并做差异显著性检验。
附上国内可用下载地址：
下载地址：https://download.cnet.com/Popgene/3000-2054_4-75328340.html
