记和blast死磕的一天

疫情耽搁了很多事情,上级催结果,慌忙把RNA-seq的分析结果交过去,然后我心心念念的gene-fusion拖了好久,gene-fusion的操作步骤,后面我做出来了就更新,现在先记录一个我今天遇到的俩大坑,有一个至今没有解决,渴望被解救。。。

因为做gene-fusion必须从ncbi下载blast的nt*、human_genomic*、other_genomic*的数据,我登录进数据库就真的惊呆了,ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/里面并没有human_genomic*、other_genomic*,这是我至今都搞不清楚的事情,四处百度谷歌都没找到答案。

我以为是我页面显示有问题,好吧,不是说blast+可以在线建库嘛,我就安装一个呗,反正就是下载解压缩,太容易了,详情参考大神:https://www.jianshu.com/p/08a77eee8943

安装好了,我就现场来一个update_blastdb.pl nt

结果报错:“error while loading shared libraries:libssl.so.0.0.1.....”,看截图:

亏的我还一顿conda libgcc安装,都不管用,后面黔驴技穷,吃点点心休息时候,猛然发现前面“/usr/bin/curl”,我忽然灵机一动,不对呀,我curl分明是安装在conda底下,不会在usr下面呀

于是,直接编辑perl文件,vi update_blastdb.pl

发现里面的 curl地址是默认(划线部分)的/usr/bin/curl替换成自己的路径就可以了,不懂得可以直接which perl

好吧,有一个坑已经出来了,还有一个,我也不懂了,就是perl update_blastdb.pl --showall可以看到所有库,按理说会有human_genomics和other_genomics,别的大神都是这么说的,我这里就不行,和我在线看到的文件一摸一样,截图如下:

难道是blastdb更新了?反正都说用tophat-fusion都要用blast的三个库,我只能找到一个,剩下的,就只好看一个能不能得到结果了,暴风哭泣。。。。。。

渴望有哪个大神可以给我一点点提示,感激不尽,嘤嘤嘤

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