欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前己分享近200篇原创文章，有18000+小伙伴在这里一起交流学习，感兴趣的赶快关注吧。
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的各位PI在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击直达原文阅读
精选文章推荐
10000+
- 看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少！
- DNA提取也能发Nature？
- 学术论文图表基本规范大全
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- 梅毒狂想曲
- NB：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生
- Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call
- 只要11天，浓度1000倍的抗生素也无效
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 岛国科普—生命大跃进
- 深度好文—我们的未来在哪里？
5000+
- 学术图表的基本配色方法
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences
- Nature综述：宏基因组关联分析
- Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
- Co-occurrence网络图在R中的实现
- ggbiplot-最好看的PCA图
- 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA
3000+
- 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
- 扩增子图表解读-理解文章思路
- 扩增子分析流程-把握分析细节
- 扩增子统计绘图-冲击高分文章
- QIIME2中文教程-把握分析趋势
- 宏基因组分析教程
- 4500元的微生物组培训资料
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化
- 自学生信-biostar handbook
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- 简单漂亮的在线生信绘图工具
- 16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- 一文读懂微生物组
培训、会议、招聘广告
- 5月12-20日，北京，二代三代转录组测序分析实战班
- 5月11-13日，北京，中国肠道大会
- 5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛
- 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
- 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 代谢组学/脂组学：短链脂肪酸分析服务
- 菌群采样神器，随时免费申领
科研经验
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 手把手教你生信分析平台搭建
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
软件和数据库
- VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 微生物组间差异分析神器-STAMP
- 扩增子分析神器USEARCH
- 微生物扩增子数据库大全
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- KEGG在线数据库使用攻略
- 开启win10内置Linux子程序
宏基因组分析
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
R统计绘图
R语言基础系列：
- 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
ggplot2绘图基础系列：
- 1初识ggplot2、基本用法以及如何绘制几何对象
- 2图层的使用——基础、怎样加标签、注释
- 3工具箱——误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
高级统计绘图：
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择?
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
- 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
必读综述
- Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nature：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- Nature: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- Nat. Micro.: 研究微生物，只靠多组学根本不够
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
- Ann. Rev.：微生物组与人
- 微生物组学与植物病害微生物防治
- 组学重建真菌现有分类系统
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
高分文章套路解读
- Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
科普视频-寓教于乐
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
- 皮肤共生菌可以促进伤口愈合
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1500+ 科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
