主要区别：
1).［事务］MyISAM是非事务安全型的，而InnoDB是事务安全型的，默认开启自动提交，宜合并事务，一同提交，减小数据库多次提交导致的开销，大大提高性能。
2).［锁］MyISAM锁的粒度是表级，而InnoDB支持行级锁定。
3).［全文索引］MyISAM支持全文类型索引，而InnoDB不支持全文索引。
4).［查询效率］MyISAM相对简单，所以在效率上要优于InnoDB，小型应用可以考虑使用MyISAM。
5).［外健］MyISAM不支持外健，InnoDB支持。
6).［count］MyISAM保有表的总行数，InnoDB只能遍历。
6).MyISAM表是保存成文件的形式，在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦。
7).InnoDB表比MyISAM表更安全，可以在保证数据不会丢失的情况下，切换非事务表到事务表（alter table tablename type=innodb）。
8）MyIsam索引和数据分离，InnoDB在一起，MyIsam天生非聚簇索引，最多有一个unique的性质，InnoDB的数据文件本身就是主键索引文件，这样的索引被称为“聚簇索引”
具体见：https://blog.csdn.net/silyvin/article/details/80140153
9）两者都仅支持B＋树索引，不支持hash索引
应用场景：
1).MyISAM管理非事务表。它提供高速存储和检索，以及全文搜索能力。如果应用中需要执行大量的SELECT查询，那么MyISAM是更好的选择。
2).InnoDB用于事务处理应用程序，具有众多特性，包括ACID事务支持。如果应用中需要执行大量的INSERT或UPDATE操作，则应该使用InnoDB，这样可以提高多用户并发操作的性能。
具体问题具体分析，可遵循以下问题：
◆你的数据库有外键吗？
◆你需要事务支持吗？
◆你需要全文索引吗？
◆你经常使用什么样的查询模式？在写多读少的应用中还是Innodb插入性能更稳定，在并发情况下也能基本，如果是对读取速度要求比较快的应用还是选MyISAM。
◆你的数据有多大？ 大尺寸倾向于innodb，因为事务日志，故障恢复
