用Li Heng开发的Minimap+miniasm进行组装，然后用racon+pilon进行纠错。
三代测序拼装软件，三代测序平台 Nanopore / Pacbio 产生的数据的一个共同点就是，读长长，错误率高，在用于分析之前需要对数据进行特殊处理（consensus，纠错），再进行拼装任务，Liheng 开发的 Miniasm 可以直接对未处理的长读长序列进行快速拼装，在对Miniasm拼装的Contig序列进行抛光处理后会出现不少SNP/INDEL， Racon 可解决这个问题，Racon是一个基于minimap和miniasm的，构建一致性序列（consensus）的一款软件，速度快是其特点。支持 (GFA, FASTA, FASTQ, SAM, MHAP and PAF) 等文件输入格式，相对于 Quiver / Nanopolish 通用性更高。
第一步：用minimap2，拿着80%～90%正确率的原始数据相互比对， 找序列之间的Overlap。
第二步：找到Overlap，用miniasm进行组装。
第三步： 原始的组装结果充满了错误，所以需要进行纠错。纠错分为两种，一种是用三代自身数据，一种是用二代数据进行纠错。当然这两步都是需要的。
首先用minimap2和racon对三代数据进行纠错，一般迭代个三次就差不多。
其次使用二代数据进行纠错。二代数据虽然短，但是测序质量高，所以一般都要用它进行纠错。推荐用30X PCR free的illuminia 测序数据。
Step 1: 数据预处理，过滤低质量短读，去接头。工具很多，常用的是trimmomatic、cutadapter、 fastp（处理标准：平均质量高于Q30，对5‘端进行低质量碱基删除，保留大于100bp的短读）
Step2:用bwa 比对
step3: 用pilon对比对后的BAM文件进行纠错
参考来源：
https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/82500726