「三代组装」使用Pilon对基因组进行polish

对初步组装进行polish

以FASTA和BAM文件作为输入，根据比对结果对输入的参考基因组进行提高，包括

• 单碱基差异
• 小的插入缺失(indels)
• 较大的插入缺失或者block替换
• 填充参考序列中的N
• 找到局部的错误组装

最后输出polish后的FASTA文件

参考来源：

https://www.jianshu.com/p/cceeb7d1f413