pathway注释

输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01)

目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。

过程:

1. ID转换:将gene symbol转换为uniprobID

  方法:利用uniprot网站的工具。网址:https://www.uniprot.org/uploadlists/

  步骤:

    1)准备gene symbol列。只需这一列即可。

    2)选择“gene name” 转换成“UniProt”。点击submit。

    3)将转换完成的数据,进行筛选(物种:人,鼠;是否reviewed)。下载筛选后的数据。

  问题:

    1)该网站在我的linux系统上显示错误,有很多按钮无法显示。只能利用其它的window系统实现转换。

    2)该网站不能对4000+个genesymbol进行转换。我输入2950个gene symbol后,第一次转换失败;第二次转换成功。

2.KEGG pathway注释:

  方法:将uniprot ID输入KEGG mapper的列表中(需添加color列),点击exec。

  步骤:

    1)网页的“Organism-specific”,需要输入正确。点击旁边的按钮可以查找物种的缩写。(我在此花费了许久)。人:hsa;鼠:mmu

    2)网页的“Optional use of outside ID”,选择UniProt。

    3)点击Exec即可。

    

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转载自www.cnblogs.com/zypiner/p/11690064.html
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