使用R语言ggplot2包绘制pathway富集分析气泡图（Bubble图）:数据结构及代码

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气泡图是在笛卡尔坐标系同加入大小的参数所形成的可以表示三个变量关系的图例。在对基因完成GO/KEGG分析后，使用气泡图可以直观的展示pathway、pvalue、count之间的关系。下面为使用R语言ggplot2包绘制气泡图所需的数据结构及代码：

由于笔者常使用read.csv读取文件，因此在第一列预留行名，建议实际操作时使用GOID以防止行名重复。

library(ggplot2)
pathway = read.csv("down2.csv",header=TRUE,row.names=1,check.names = FALSE)  
p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway))
p=p + geom_point()  
# 修稿点的大小
p=p + geom_point(aes(size=Count))
# 展示三维数据
pbubble = p+ geom_point(aes(size=Count,color=-1*log10(Pvalue)))
# 设置渐变色
pr = pbubble+scale_color_gradient(low="green",high = "red")
# 绘制p气泡图
pr = pr+labs(color=expression(-log[10](Pvalue)),size="Count",  
                           x="Pvalue",y="Pathway name",title="Pathway enrichment")
pr + theme_bw()
## 保存图片
ggsave("out.pdf")# 保存为pdf格式
ggsave("out2.png",width=4,height=4)# 设定画布大小

结果展示: